1、根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条规定，土地所有人应当向土地所在地县级人民政府土地行政主管部门申请土地登记。县级人民政府应当对土地进行登记，颁发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，土地使用者应当向土地所在地县级人民政府土地行政主管部门申请土地登记，县级人民政府应当进行土地登记，颁发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对辖区内农民集体所有的土地进行统一登记。可见，只有农民集体所有的土地用于非农建设时，才应向使用人颁发土地使用证，发证机关为县、市级土地管理部门。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条的规定，土地所有权、使用权依法发生变更，地上建筑物、构筑物和其他附着物依法转让土地使用权的，土地变更登记必须向土地所在地县级以上人民政府土地行政主管部门办理，原土地登记机关应当依法办理土地所有权和使用权的变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。依法改变土地用途的，必须持批准文件向土地所在地县级以上人民政府土地行政主管部门申请土地变更登记，原土地登记机关应当依法办理变更登记。

根据《中华人民共和国城市房地产管理法》，房地产转让、变更时，应当向县级以上地方人民政府房地产管理部门申请办理房地产变更登记，持变更后的房屋所有权证向同级人民政府土地管理部门申请办理土地使用权变更登记，经同级人民政府土地行政主管部门核准后，由各级人民政府换发或者涂改土地使用权证。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条规定，土地所有人应当向土地所在地县级人民政府土地行政主管部门申请土地登记，集体土地所有权由县级人民政府登记发证。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，土地使用者应当向土地所在地县级人民政府土地行政主管部门申请土地登记，县级人民政府应当进行土地登记，颁发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对辖区内农民集体所有的土地进行统一登记。可见，只有农民集体所有的土地用于非农建设时，才需要向使用者发放土地使用证，发证机关是县、市级土地管理部门。