根据《中华人民共和国劳动法》，公司合并后，被合并公司的员工有权因薪酬、职位、福利等因素而自由选择留下。如果员工选择离开，公司需要对员工进行相应的补偿。补偿员工通常有以下几种方式：1。现金支付。现金支付的形式是要求企业以现金支付给员工作为解除长期劳动合同的经济补偿。对于现金流充裕的企业来说，这种方式是可以接受的，是一次性解决的，没有给改制后的企业留下任何后遗症。但这种方式会大大侵占企业的资金流，降低企业抵御风险的能力，使企业容易陷入危机。二、股权支付形式。股权支付的形式是通过经济补偿直接将企业的净资产落实到每个员工身上。企业重组后，形成企业在重组后占有的股权。虽然这种方法在相关文件和政策上是允许的，但在操作上有两个明显的障碍。首先，由于《公司法》对公司股东人数的限制，员工持股人数受到限制。同时，由于员工持股协会等持股载体的建立已经难以获得相关部门的批准，么员工作为什么样的身份呢？持股是首先要解决的问题；其次，员工集体持股在大多数地方已经不可行，地方政府更希望原企业经营层绝对控股改制后的企业不支持全体员工共同持股。所以从以上两点来看，以股权形式支付员工的经济补偿并不是一个好办法。三、债权支付形式。如果重组企业的支付能力相对较差，为了缓解重组成本给企业生产经营带来的压力，可以将员工的经济补偿转化为重组企业的负债，减少相应的企业净资产。企业重组后，员工持有重组后企业的债权，并根据相应的规定和条件进行清偿。改制企业以债权形式支付员工经济补偿金，必须经上级部门和政府批准，避免改制后违反会计法和税法的风险。

公司合并的程序

1、董事会制订合并方案。

2、签订公司合并协议。

公司合并协议是指由两个或者两个以上的公司就公司合并的有关事而订立的书面协议。协议的内容应当载明法律、法规规定的事项和双方当事人约定的事项，一般来说应当包括以下内容：

（1）公司的名称与住所。这里所讲公司的名称与住所包括合并前的各公司的名称与住所和合并后存续公司或者新设公司的名称与住所。公司名称应当与公司登记时的名称相一致，并且该名称应当是公司的全称；公司的住所应当是公司的实际住所即总公司所在地。（2）存续或者新设公司因合并而发行的股份总数、种类和数量，或者投资总额，每个出资人所占投资总额的比例等。（3）合并各方现有的资本及对现有资本的处理方法。（4）合并各方所有的债权、债务的处理方法。（5）存续公司的公司章程是否变更，公司章程变更后的内容，新设公司的章程如何订立及其主要内容。（6）公司合并各方认为应当载明的其他事项。

3、编制资产负债表和财产清单。

资产负债表是反映公司资产及负债状况、股东权益的公司要的会计报表，会计合并中必须编制的报表。合并各方应当真实、全面地编制此表，以反映公司的财产情况，不得隐瞒公司的债权、债务。此外，公司还要编制财产清单，清晰地反映公司的财产状况。财产清单应当翔实、准确。

4、合并决议的形成。

公司合并应当由公司股东会或者股东大会作出合并决议，之后方进行其他工作。公司合并会影响到股东利益，如股权结构的变化。根据《公司法》第四十四条、六十条和第一百零三条的规定，就有限责任公司来讲，其合并应当由股东会作出特别决议，即经代表三分之二以上表决权的股东通过才能进行；就股份有限公司来讲，其合并应当由公司的股东大会作出特别决议，即必须经出席会议的股东所持表决权三分之二以上决议通过才能进行；就国有独资公司来讲，其合并必须由国有资产监督管理机构决定，其中，重要的国有独资公司合并应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准，才能进行。

5、向债权人通知和公告。

公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日在报纸上公告。一般来说，对所有的已知债权人应当采用通知的方式告知，只有对那些未知的或者不能通过普通的通知方式告知的债权人才可以采取公告的方式。通知和公告的目的主要是告知公司债权人，以便让他们作出决定，对公司的合并，是否提出异议，此外，公告也可以起到通知未参加股东会（股东大会）的股东的作用。

6、合并登记。

合并登记分为解散登记和变更登记。公司合并以后，解散的公司应当到工商记机关办理注销登记手续；存续公司应当到登记机关办理变更登记手续；新成立的公司应当到登记机关办理设立登记手续。公司合并只有进行登记后，才能得到法律上的承认。

对于公司合并的相关事项的处理，

是需要严格基于上述法律中规定的程序和要求来进行认定的，特别是对于不同的公司由于合并的情况不同，那么最终所认定的税务情况是不同的，如果对相关情况的处理不清楚的，可以咨询工商部门来认定。

《劳动合同法》

第46条：下列情形之一的，用人单位应当向劳动者赔偿：

（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；

（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；

（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；

（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；

（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；

（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；

（七）法律、行政法规规定的其他情形。