股权变更要按万分之五税率缴纳印花税，对于股权转让所得，如果股东是自然人，要按20%税率缴纳个人所得税，如是法人股东，要按25%税率缴纳企业所得税。

1、购买股权的人A只需按照成交价格缴纳印花税，万分之五;

2、出售股权的人B以大于其初始投资数额出售的，则其差额按“财产转让所得”依20%税率缴纳个人所得税(如果是小于或等于其初始投资数额出售的，则不需要缴纳所得税)，同时按照成交价缴纳印花税，万分之五。

依据：所得税法、印花税条例

转让过程中通过挂牌还产生了其他的费用，比如在挂牌支付了交易费1万的，目前在中国这1万不可以减去再算所得税。

3、股权变更双方都要按照实际成交额缴纳印花税。

印花税是在签订了转让合同之后，双方去企业驻地地方税务局缴纳，凭完税证去工商局办理股权变更手续。

4、股东出让股权，一般来讲公司权益没有变化，企业一般不用缴纳所得税。

股东变更费用税费相关规定

《个人所得税》第六条第五款规定，财产转让个人所得税的计算方式是以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。《实施条例》第二十二条规定财产转让所得，按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，计算纳税;第十九条规定税法第六条第一款第五项所说的财产原值，对于有价证券，是指为买入价以及买入时按照规定交纳的有关费用。那么，什么是合理费用?法律没有明确的规定，一般是指为办理股权转让手续作出的必要开支。《个人所得税法》第三条第五款规定，特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。

即，股权转让个人所得税额的计算公式为：个人所得税应纳税额=(股权转让收入-本金(原值)-合理费用)×20%。

即不是交净资产的20%，也不是要交三个股东转让给后来的五个股东所有股权钱的20%。

而是出让股东获利的20%

通过上面的文章的讲解，我们知道了关于股东变更额度税务问题，所有公司股东变更后都要按照一定的股东变更费用税费相关规定进行上缴，这也是法律对于股东变更这一情况的强有力的保障和监督，如果不按照规定或者没有按时上缴相关费用将会影响到公司的正常经营。