1、权利人的投入与收益的平衡以专利制度为例，专利制度的规则应该使专利权人在以下利益的比较中占有优势：在使用自己投入研制的创新成果收益与购买他人创新成果的使用收益比较中占有优势;购买他人创新成果使用收益与使用已经进入公有领域的现有技术的收益的比较中占有优势;创新成果的市场收益与创新成本及维权成本的比较中占有优势。当然，这种优势只需在整体评价中体现，就足以证明专利制度的公平，不排除个案的特殊性。对一个处于市场竞争中的企业来说实现专利权效益最大化的方案自然是专利权原始取得，即自己投入创新，这也是一些有远见的企业组建强有力的创新机构的根本原因。

2、权利人利益与社会公众利益的平衡知识产权制度以法律的形式保障了权利人的法定权利，而这种法定权利是在一定的时间和空间内的“对世权”，即权利的确定和行使是对公众的一种义务要求和权利限制。知识产权制度在其发展过程中也一直在谋求知识产权权利人利益与社会公众利益的平衡。早在200多年前，英国早期版权案例的裁决中就反映出对这种平衡的描述：“此案例的裁决对国家是非常重要的事情，在裁决时我们必须小心谨慎防止两个同等不利的极端：一是不应剥夺尽心尽力服务于社会的有能力的人应得的荣誉，以及对他们独创性的劳动的报酬;二是世界不能不改善、技术不能不进步。”如何达到两种利益平衡至今仍然是知识产权立法过程中的一个重要问题，40年前有关基本化合物的可专利性的争论与近20年有关dna的可专利性的争论，基本出发点是一致的。争论的焦点是：如果允许基本化合物结构单元可以有较宽的一般性权利要求，就会阻止技术创新的发展;而将基本的结构单元从专利权保护的范围中排出，又会损害化学工业。但这种争论近年在一些发达国家的判例中已经有明确的倾向性的答案。1980年，美国联邦最高法院裁定动物品种可以授予专利。在这个里程碑式的案例中，联邦最高法院依据其第101条所反映的“包括世界上由人工制造的任何东西”的思路，突破了动物的非专利性界限。

传统知识产权制度中还包含了许多维持这种平衡的规则：例如，专利法要求发明人精确定义他们的发明的范围是为了保证专利对继续发明者留有空间。专利法还通过强制发明人仔细描述发明的特殊细节而作为授予专利的条件，从而使其他人有可能在不违背专利法的情况下阅读和使用这项技术，从而促进继续发明;在商业秘密保护法中，通过对反向工程合法性认证完成了最初发明与继续发明之间的平衡;此外，还有专利法中的“专利权用尽”、“临时过境”原则，版权法中的“合理使用”、“法定许可使用”原则等。这些规则都在一定程度上限制了权利的独占性对技术的发展可能造成的障碍。但是，由于在知识产权法律框架的形成初期，人类的创新活动更多的是处于一种无序的、偶发的状态，因此，激励创新者的积极性显得更为重要。知识产权法作为保护智力成果权利人的利益并调节权利人和社会公众利益的天平，一直是倾斜于权利人的，这种立法思维的惯性一直延续至今。近年来，许多国家的立法和一些国际条约都不断加大对有关知识产权的保护力度并提高知识产权保护水平，行政执法和司法审判也更多强调保护知识产权权利人的权益。这种内聚的、垄断的权利体系与开放的、公共的新经济形态的冲突，具体就表现在对社会公众利益与权利人利益的兼顾与平衡上。过分强调保护知识产权权利人的权益，可能为权利人违背公平、滥用权利以至损害公众利益提供法律借口，不利于经济的良性发展。在制度的天平上增加一些社会公众利益的砝码，将是确保知识产权法健康发展的有益举措。

3、发达国家与发展中国家与地区利益的平衡贸易的前提是存在差距：一个地区资源稀缺，才有向这里输送资源的必要;劳动力便宜，才有在这里建厂的可能。贸易的目的是缩小差距：通过输送资源改善地区的生存条件，通过建立企业拉动地区的经济发展。知识产权法所提供的知识产权许可证贸易机制，在理论上也应该与货物贸易前提和目的一致。当然这首先需要一个共同的前提，即无论是发达国家还是发展中国家都给予知识产权以应有的保护。

知识产权法如何平衡发达国家与发展中国家利益的问题，随着世界经济一体化和知识产权保护国际化趋势的增强变得越来越尖锐，发达国家和发展中国家之间分别有各自的利益所在和利益驱动，其经济基础的巨大差异必然导致上层建筑的不同，反映在各国知识产权制度对智力成果所提供的保护水平自然也会有所差别。发达国家在谋求自身利益最大化的过程中应当顾及竞争对手的合理权益，保留发展中国家合理发展的空间，才能逐步缩小二者之间在知识产权保护水平上的差距，进而也缩小经济的差距。发展中国家在这种制度平衡调节中的合理愿望，决不是某些西方学者所谓“难道发达国家欠了发展中国家什么，而一定要作出补偿吗”之类的狭隘观点。

4、技术创新与可持续发展的平衡科学创新的双刃剑效应人类已有切身感受，在一种创新给人类带来的恩惠大于灾难时，是可以接受的;而与此相反，则这种创新是应该受到遏制的。我们在享受着现代工业的成果，却没有意识到它所积累起来的污染对地球是毁灭性的;我们在品尝着转基因食物的美味，却没有意识到它是对几万年自然形成的生物链的切割，……而这些对生态的灾难性破坏大多是不可逆的。如果指望仅仅利用知识产权制度来减小这种危险肯定是力不从心的，但通过知识产权法来反映人类在发展进程中对可持续发展的关注，还是应该的而且也是可行的。其五，法律规范与道德伦理的平衡。许多学者认为，生物的可专利性会通过遗传多样性的损失而威胁人类，最坏的情况是导致克*人的专利。尽管迄今为止，没有任何国家的专利局授予与克*人相关的专利，但已有人为了检验美国专利法，申请了人、非人嵌合体专利。人的克隆是对知识产权法律制度形成挑战的最前沿的新技术。自从苏格兰科学家宣布成功地克隆了羊以来，科学界、法律界和政府都不太清楚下一步该采取什么措施了。科学的探索还有界限吗?法律可以规制一个技术创新的极限吗?1996年以来，美国国会已通过法律，禁止使用财政年度拨款来进行将胚胎置于毁灭的危险之中的非治疗性研究的任何研究，但这种限制仅仅只能及于政府拨款，而事实上在美国，非政府组织支持的克*人研究已经进行得如火如荼。

传统的专利制度并没有明确将伦理的要求作为专利性的条件之一，协调这一矛盾的办法要么是制定不同于任何专利法的新法律来禁止克*人，要么改变现行的可授予活的生物体以专利的法律。知识产权法律体系面临的许多挑战都来自于生物技术，现行的知识产权法律体系能否适应这种挑战，还在检验之中。