（一）单证纠纷。单证纠纷主要发生在承运人和托运人之间。此类纠纷包括：因单证瑕疵引起的纠纷；因承运人签发单证时的失误引发的纠纷；因托运人未与收货人达成协议，却要求签发特殊单证（倒签或预借提单）而在承运人与托运人之间产生的纠纷。

（二）货物损失、灭失的纠纷。该类纠纷一般发生在承运过程中。造成此类纠纷的原因很多，可能是由于托运人自身的过失造成的，如包装不良、标识不清引起，也可能是承运人的过错造成的，如积载不当、操作失误、运具选择不当等。另外，还有不可抗力造成的货物损失、灭失，应根据风险分配原则分担风险。

（三）延迟交付纠纷。这是指因承运人在合同约定期限以后进行交付而发生的纠纷。纠纷发生的原因主要有：因承运货物发生交通事故；因积载能力而必须将货物延迟发送；因过失造成中转滞留；因某种原因而绕行导致发生纠纷。

（四）运杂费纠纷。这是因为托运人或收货人的故意或过失，未能及时或全额交纳运费，以及因在履行合同中所发生的其他费用而发生的纠纷。

（五）运输工具损害纠纷。这是指因托运人的过失，造成对承运人的运输工具损害而引发的纠纷。

一、运输合同纠纷如何处理

解决运输纠纷一般有四种途径，即当事人自行协商解决、调解、仲裁和诉讼。其中，仲裁和诉讼是准司法或司法解决。运输纠纷出现后，大多数情况下，纠纷双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商，甚至在行业协会或其他组织介人调解的情况下还是无法解决，双方只能寻求准司法或司法途径解决。

二、货运代理合同和货物运输合同纠纷的不同点是什么

为正确处理有关案件，在此需要将货代纠纷和货运纠纷在归责原则和举证责任方面作个比较。根据《中华人民共和国海商法》第五十一条的规定，海上货物运输合同违约责任的归责原则亦为过错原则，但在举证责任上属于过错推定，即一般来说，证明货物损坏非系承运人过错所致之责应由承运人自己承担，货方仅需证明在承运人责任期间发生了货损事实即可，对承运人有无过错无须举证。而承运人需证明自己没有过错方可免责，否则推定其有过错。