肇事逃逸自首保险公司只赔偿交强险部分。机动车驾驶人发生交通事故后逃逸，该机动车参加强制保险的，由保险公司在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿。即使是肇事逃逸后自首也是逃逸行为，不能改变性质，保险公司对事故中的受害人承担交强险额度内的赔付。

一、交强险赔偿的几种特殊情形

交强险赔偿有下列特殊情形：

1.挂靠在运输公司名下的大货车以该运输公司的名义向保险公司投保，货车驾驶员遇事故身亡后，由此产生的损失保险公司会赔。

2.无证驾驶致人亡，保险公司照赔偿。

3.当事人之间已经以买卖等方式转让并交付机动车但未办理所有权转移登记，发生交通事故后，属于机动车一方责任，该机动车未按照法律规定办理强制保险的，机动车的受让人与原所有人在机动车强制保险范围内，承担连带赔偿责任。

4.机动车距规定的报废期限不足一年的，在保险期间发生交通事故的，由保险公司在短期交通事故责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。

5.盗窃、抢劫、抢夺的机动车发生交通事故，肇事者逃逸的，由机动车所有人在机动车强制保险责任限额范围内先行垫付抢救费用。

二、司机交通肇事逃逸后交强险如何赔偿

交通肇事逃逸后，交强险在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿。并没有规定肇事者在逃逸后，保险公司可以免责。

只要是由于机动车的驾驶行为给第三人造成的损害，无论具体的驾驶人员是谁，保险公司都应当在保险责任限额内对受害人负有无条件赔偿义务。

驾驶人肇事逃逸，应当负事故全部责任，交强险应当在责任限额范围内赔偿医疗费用、财产损失、死亡伤残费用。

三、交强险投保的注意事项是什么呢

交强险投保的注意事项：

一、交强险责任限额问题。

交强险责任限额是指被保险机动车在保险期间(通常为1年)发生交通事故，保险公司对每次保险事故所有受害人的人身伤亡和财产损失所承担的最高赔偿金额。

二、交强险责任问题。

交强险是不分责任的。该法第七十六条规定，机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。超过责任限额的部分，再按过错分担责任。

三、交强险的运行原则。

机动车交通事故责任强制保险实行统一的保险条款和基础保险费率。