员工违反保密协议的，需要承担的责任如下：

1、民事责任。

对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

2、行政责任。

员工违反保密协议，泄露公司商业秘密的，由监督检查部门给予行政处罚，如没收违法所得、罚款等。

3、刑事责任。

员工违反保密义务，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的，情节严重的，构成侵犯商业秘密罪，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

侵犯商业秘密，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：

（一）给商业秘密权利人造成损失数额在五十万元以上的；

（二）因侵犯商业秘密违法所得数额在五十万元以上的；

（三）致使商业秘密权利人破产的；

（四）其他给商业秘密权利人造成重大损失的情形。

跳槽员工违反保密协议的处理方式

一般情况下，跳槽员工违反保密协议，给原公司造成损失的，要承担民事责任、行政责任及刑事责任，同时还需要赔偿公司的损失。

1、依《民法典》规定追究违反保密协议的当事人，要求其承担违约责任，或者追究侵害商业秘密的侵权人，要求其承担侵权责任。

2、依据《劳动法》规定向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，请求违反上述约定的劳动者承担损害赔偿责任。

3、向工商行政管理机关申请查处和制止侵权行为，并要求侵权人应当承担相应的行政责任，如罚款。跳槽员工被追究行政责任后，依然要承担赔偿责任。

4、刑法上的救济，侵犯商业秘密给企业造成重大损失的，企业作为权利人可以根据我国《刑法》的有关规定向公安机关控告，要求立案侦查，追究违法犯罪嫌疑人的刑事责任。

根据《刑法》的有关规定，违反保密协议泄露或允许他人使用商业秘密，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。需要注意的是，跳槽员工被追究刑事责任后，同样要承担赔偿责任。

《反不正当竞争法》第二十一条，经营者以及其他自然人、法人和非法人组织违反本法第九条规定侵犯商业秘密的，由监督检查部门责令停止违法行为，没收违法所得，处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，处五十万元以上五百万元以下的罚款。