修改公司章程的程序有：

1、公司董事会应当作出修改公司章程的决议，并提出修改公司章程的草案；

2、股东会表决修改章程的条款。有限责任公司修改公司章程，必须经代表三分之二以上表决权的股东批准，股份有限公司修改章程，必须经出席股东大会的股东持有的表决权的三分之二以上批准；

3、修改公司章程涉及需要审批的事项时，应当报政府主管部门批准。股份有限公司为注册资本发行新股的，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准，公开募集的，经国务院证券管理部门批准；

4、修改公司章程涉及登记事项的，报公司登记机关批准，办理变更登记，未涉及登记事项的，送公司登记机关备案；

5、修改公司章程需要公告的，应当依法公告。

如果公司发行新股，必须按照法定或公司章程规定的方式公告。

公司章程修改在实践中容易出现的问题

1、大股东滥用资本多数决，损害小股东利益

修改公司章程属于特别决议事项之一，即必须经代表三分之二以上表决权的股东同意方能通过，及所谓的资本多数决的原则。资本多数决原则是民主表决机制在公司领域的应用。它以一股一权为基础，体现了股东形式平等原则，是股东形式平等原则的必然逻辑延伸。该原则虽然在一定程度上能促进公司决策变得高效，但实质上这种规则使得具有控制权的大股东在股东（大）会中处于支配地位，导致其意志常常上升为公司意志，从而对公司和小股东的利益产生一定的约束力或影响力。可见，资本多数决导源于股东平等原则，却又因内在的缺陷导致其易被大股东滥用，从而妨碍股东实质平等的实现。因此，资本多数决原则只实现了股东的形式平等，而并不能体现股东实质上的平等，实质上甚至可能使得股东民主的基础丧失。

资本多数决原则的滥用，是指大股东为实现自己或第三人所追求的某种利益，损害或限制其他股东利益或公司利益，而行使其表决权或运用其基于大股东之资格所具有的影响力。由于公司法强制性规定，对章程的修改必须通过三分之二以上多数决定才能通过，因此，在公司章程修改的过程中，大股东很可能基于资本多数决原则而随意修改公司章程，或者在公司章程中添加或变更对小股东或者公司不利的条款，这种资本多数决的滥用在一定程度上必然影响小股东的利益甚至是公司的利益。实践中，大股东滥用资本多数决原则损害小股东或者公司的利益的情况是很普遍的，也被学者或法律实践工作者所重视。

2、小股东滥用否决权，损害大股东及公司利益

小股东滥用否决权目前在学界以及实践中对此关注还不是很明显，在于小股东滥用否决权的出现情形比较少，基本上很难遇到这样的情况。但很少不代表不会出现小股东滥用否决权的情形就不存在。

《中华人民共和国公司法》第四十三条股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。

股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。