社会保障基金税务征缴，较之以前社会保障机构征缴，取得了显著成效。但是改革必然受到传统体制及现实国情等因素的制约，不可避免地会存在一些问题。就其试点情况看，主要存在如下问题：

1.基础数据不够完善。目前社会保障税务征缴最大的障碍就是基础数据和信息网络建设和管理落后，使得征管缺乏有效的数据，管理和稽查力度缺乏有效的依据，不利于社会大众对其的有效监督，致使在征管过程中漏缴、少缴的情况难以有效遏制，严重阻碍了社会保障管理社会化的进程。另外，改革必然带来部门利益的调整，使得社会保险经办机构与地税部门对基本养老金基数的确定存在意见分歧，地税部门为了更好地取得工效挂钩成绩，存在人为减少缴费基数的情况，导致缴费基数不统一。

2.社会保障经办机构仍设收入过渡户。财政部与劳动保障部联合颁发的《社会保障基金财务制度》规定，实行税务部门征收社会保险费的地区，社会保险经办机构不再设收入过渡户。但绝大多数试点地区仍旧设立收入过渡户，有悖于财务规定，增加了社会保险费的运行环节及在途时间，不利于社会保障基金的收支两条线管理。

3.税务征收权不完整。地税部门征收社会保险费主要依据的是《社会保险费征缴暂行条例》和地方行政性法规，在强制征收措施中，只能对延迟缴费的加收滞纳金，并对责任人处以罚款，逾期不缴纳的，申请人民法院强制征缴。而实行税收保全、强制扣款等税务部门最有力的征收手段则缺乏法律依据。在征收程序上，社会保险费的征收计划和缓交审批均由经办机构认定，地税部门处于代征的地位，难以发挥地税部门依法征费的作用。

4.税务机构职能尚未完全到位，征收管理落后。目前税务征缴职能末完全到位，关系未完全理顺，收缴工作还是由社保机构、税务机构两家管理，缴费单位既要经办机构确认，又需向税务部门申报缴纳，增加了社会保险基金交纳的工作量，延长了交纳时间，有些出现压票现象。另外收入过渡户的存在，税务收缴的社保费没有直接上缴财政，导致使资金划拨周转环节过多，影响资金划拨效率和管理。