收费许可证制度是从1987年开始实行的。1987年，《国务院关于加强物价管理保持市场物价基本稳定的通知》(国发(1987]4号)中规定：各级人民政府要组织有关部门对乱收费、乱涨价的问题进行一次全面的检查、清理。重要的收费项目，要由物价部门颁发收费凭证，加强管理。从此开始，为了有效制止乱收费，保护合法收费，行政性收费开始实施收费许可证制度。多年实践证明，实行收费许可证制度，作为强化收费管理、维护收费秩序的重要手段收到了很好的效果。收费许可证是收费单位合法收费的凭证，也是政府管理收费的有效形式和社会监督的有力武器。1997年，《中共中央、国务院关于治理向企业乱收费、乱罚款和各种摊派等问题的决定》(中发(1997)14号)肯定了这项制度，并明确规定：向企业收取行政事业性费用，必须凭物价部门颁发的收费许可证和财政部或省、自治区、直辖市人民政府财政部门统一制发的行政事业性收费票据。

为了加强收费管理，规范收费行为，根据中共中央、国务院的规定，经国务院减轻企业负担部际联席会议批准，国家计委、国家经贸委、财政部、监察部、审计署、国务院纠风办下发了《收费许可证管理办法》(计价格[1998]2084号)，主要内容包括：

①明确该办法适用于实施收费的国家机关、事业单位及非企业组织。

②规定收费许可证由国务院价格主管部门负责统一样式，中央和省两级价格主管部门印制，各级价格主管部门分别核发。

③规定收费许可证分正本和副本。正本用于收费单位悬挂，购买票据;副本用于亮证收费、年审及其他用途。

④规定了中央和省级价格主管部门发证的分工，明确在京中央国家机关及其所属事业单位、非企业组织，凭合法有效的收费批准文件到国务院价格主管部门申领收费许可证;京外中央国家机关及其所属事业单位、非企业组织，凭合法有效的收费批准文件到省级价格主管部门申领收费许可证。省及省以下国家机关及其所属事业单位、非企业组织收费许可证的具体核发办法由各省、自治区、直辖市人民政府价格主管部门会同同级财政部门制定，报国务院价格、财政主管部门备案。

⑤规定收费许可证实行一点一证。具有法人资格、财务独立核算、直接实施收费的单位为基本领证单位。有直接收费行为，但不具有法人资格、不实行财务独立核算的单位的收费点，由符合规定的领证单位统一申请办理收费许可证副本。

⑥规定了申领收费许可证的程序：一是申领单位到当地价格主管部门领取收费许可证申请表一式两份，按表列内容逐项填写并提供申请表所要求的资料;二是将填写好的申请表加盖本单位公章，负责人签名后送其上级主管部门确认，签署意见并加盖公章;三是价格主管部门对收费许可证申请表及批准收费的文件等进行审核，核准后颁发收费许可证。

⑦规定收费单位申领收费许可证时，须提供的资料包括：合法有效的批准收费的文件、法人资格证明或机构编制及经费来源情况的文件、政府或业务主管部门批准执业的文件、其他相关资料。

⑧规定收费许可证有效期为三年。对临时性、一次性收费可核发临时收费许可证，并依实施收费情况注明有效期限，但最长不得超过一年。

⑨规定收费许可证实行审验制度。经审验合格的，由发证机关加盖年度审验章后方可继续使用。收费许可证审验内容包括：填列的单位、收费项目、收费标准、收费范围、收费对象、计算单位等与实际执行是否一致;是否继续保留该项收费或维持原有的收费标准;有无违法记录。审验中发现有违反国家收费管理规定的，由价格主管部门依法处理。