处理施工黑白合同的方法是：如果建设工程施工合同与备案的合同内容不一样的，以备案合同为准；备案合同与实际的施工履行情况不一致的，以实际履行情况为准。

一、关于建设工程专属管辖规定

建设工程施工合同，其所完成的工作成果虽然构成不动产，但该类合同的订立和履行与不动产的占有、使用、收益、处分之间并无直接关联，故建设工程施工合同纠纷不属于不动产纠纷。建设工程施工合同纠纷以施工行为地为合同履行地，也即表明对该类合同纠纷的处理，未纳入专属管辖的范畴。因此，此类纠纷应当按照一般合同纠纷来确定管辖，即被告住所地与施工行为地法院均有管辖权。

二、建设工程合同备案需要什么资料

建设工程合同包括了许多种，不同的种类的建设工程合同备案时需要的材料也不同。

1、勘察合同备案。

(1)、勘察合同原件3份;(2)、勘察合同备案表6份;

2、设计合同备案。

(1)、设计合同原件3份;(2)、设计合同备案表6份;

3、招标代理合同备案。

(1)、招标代理合同原件3份;(2)、招标代理合同备案表6份;

4、造价咨询合同备案。

(1)、造价咨询合同原件3份;(2)、造价咨询合同备案表6份;(3)、标底文件原件一份(标底的成果文件要求装订成册，有编制说明，封面加盖单位公章，注册造价工程师、造价员签字盖章齐全。);

5、施工合同备案。

(1)、施工合同6份原件;(2)、施工合同备案表6份;(3)、中标通知书1份(复印件加盖原件存放单位公章);(4)、招标文件原件1份;(5)、类别确认书1份(复印件加盖原件存放单位公章)。

三、工程结算超出合同价怎么办？

工程结算超出合同约定的价格，要根据实际施工的情况分析。1、当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。2、因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。3、当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。