1、转让双方之间的股权转让合同纠纷，如请求履行转让合同，请求支付股权转让款并赔偿损失（或支付违约金），或者请求解除转让合同，请求认定转让合同无效，等等。这类纠纷主要适用《民法典》的相关规定进行审理，同时个案审理也要兼顾修改后的《公司法》的特别规定及原则。

2、涉及保护公司内部其他股东优先购买权的诉讼纠纷案件。例如，《公司法》第72条第2款规定，“股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之臼起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。”但关于购买价格如何确定，是以对外转让合同的价格，还是以公司净资产重新进行评估确定价格，实务中争议较大，有必要尽快统一认识。再如，股权转让合同履行完毕，因出让股东未履行向公司其他股东的告知义务，公司其他股东主张合同无效并请求行使优先购买权纠纷案件，对这类案件，有些法院认为应当首先审查公司章程是否有约定，公司章程有约定的，按约定处理：公司章程没有约定时，应当考虑合理期限，在股东名册或者工商登记作出变更超过一定期限时，其他股东主张行使优先购买权的，可以考虑不予支持。

3、因转让瑕疵出资股权引起的纠纷案件。受让方如果明知出让方出资存在瑕疵仍受让股权时，对未按期足额的欠缴出资部分，应承担连带补充责任，相反，如果受让方对此不知情，不应承担责任，并且也有权以此为由请求撤销股权转让合同。

4、隐名、显名股东转让股权引起的诉讼案件。这类案件情况比较复杂，隐名与显名股东之间是合同关系，具有相对性。通常情况下隐名股东与显名股东之间的约定，不能对抗公司及公司其他股东，也不能对抗第三人。

5、股权的善意取得纠纷案件。公司股权被无权转让后，受让方起诉主张善意取得公司股权。审理这类案件时，既要考虑公司法律关系具有外观公示的特点，又要注意善意取得制度的基本原理，依法保护公司股东和善意第三人的合法权益。最后，在股权转让纠纷过程中，首先应该确认纠纷类型，理清股东关系，为了节省双方以及公司的时间和金钱成本，在面对股权转让的情况时，转让双方都应该了解转让细节以及股东分布再做决定。