1、两者的法律依据不同如上所述，免予刑事处罚所依据的是《刑法》三十七条的规定，而无罪判决所依据的是《刑事诉讼法》第一百六十二条的规定。一个是实体法，一个为程序法。

2、两者的适用条件不同从《刑法》第三十七条我们可以知道，免予刑事处罚要符合两个条件：一是犯罪情节轻微，二是不需要判处刑罚。只有当两个条件同时符合时，才能适用免予刑事处罚。应该指出的是，在刑法总则和分则中，我们还多次看到“免除处罚”这个概念，免除处罚与免予刑事处罚二者的法律实质后果都是定罪而不处罚，但它们是性质不同的两种刑罚适用制度。免予刑事处罚并不排除民事责任和行政处罚，实际上从《刑法》三十七条后面的规定我们就能理解：“……但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。”无罪判决的适用条件，《刑事诉讼法》第一百六十二条规定为：“……

（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；

（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。”即当法律规定为无罪的和证据不足的应当作无罪判决。这与免予刑事处罚的“犯罪情节轻微不需要判处刑罚”的条件有明显的区别。

3、两者的法律后果不同“免予刑事处罚”是人民法院认定某种行为构成犯罪，但因犯罪情节轻微，而判决免予刑罚的一种处罚。是人民法院以被告人构成犯罪为前提，以“犯罪情节轻微不需要判处刑罚”为概括性条件的随法选择。法律规定应当免除刑罚的，必须判决免除刑罚，如《刑法》二十四条规定对没有造成损害的中止犯，应当免除处罚；法律规定可以免除刑罚的则可视案情具体情况选择决定是否免予刑事处罚，如《刑法》三百八十三条规定，关于个人贪污数额在五千元以上不满一万元，犯罪后有悔改表现，积极退赃的可以免予刑事处罚。《刑法》三百九十条关于行贿人在被追诉前主动交待行贿行为的，可以免除处罚。需要明确的是，检察院是否批准逮捕和法院是否适用缓刑是两个独立的司法程序，中间没有必然联系，检察机关是否批准应当根据犯罪事实进行认定，而法院是否作出批捕也是根据案件的后果和法律适用性进行判决，都是两个司法机关在执行司法程序时履行相关责任的体现。