1.分公司是不是独立核算由公司自由决定。

2.营业税或者增值税等流转税种在当地缴纳，但如果公司跨地区设立了总分机构，所得税应当适用国税发(2008)28号文件，由总公司汇总计算，分公司按比例当地预交。

3.基于所得税汇总缴纳，你们肯定要汇总整个公司的报表，但是同时也要分开核算，能够区分分公司的收入，工资，资产(建议做总公司下面的部门核算单位)。

4.总公司收不收取管理费用仅是你们公司内部的利润分配计算方式，因所得税要汇总计算，不会对整个公司所得税产生影响。

5.总公司收取管理费用的分录建议做管理费用的内部冲销，或者挂其他应收应付等往来科目，总公司最好不要确定收入，否则又要多交一道流转税。

独立核算的分公司如何纳税

一、分支机构资格界定

1、分公司是否界定为所得税纳税人还是要根据三个方面来界定：

①银行开设结算账户

②立建立帐簿，编制财务会计报表独立计算盈亏。以上就是独立核算的要求，只要符合三个条件，税务一律按照独立的企业所得税纳税人来对待，不符合三个条件的分公司，才可以统一核算。

③公司如果符合企业所得税纳税人的三个条件，应该独立在当地缴纳企业所得税，符合减免政策的，可按规定的程序办理。

2、分公司一般是非独立核算的，所得税要由总公司统一缴纳。

一般是办理了分公司手续后，总公司持总公司和分公司的税务登记证件到总公司的主管税务机关去开汇总纳税证明，将证明交分公司所在地主管税务机关即可。

二、独立核算分公司的税务处理

1、对于分公司等分支机构，只要符合独立核算的条件，应单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。

2、计税时，分公司和总公司应分别适用所在经营地的适用税率。

3、分公司作为独立纳税人，经营期间形成的年度亏损在确定总公司的年度应税所得时不能抵减，其注销前形成的累计经营亏损在总公司账面反映为无法收回的其他应收款或应收账款

4、总机构、分支机构不在同一征收区域的商业企业，不论其何时开业，一律按属地原则征税。跨征收区域的商品调拨，按《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条“视同销售”处理。同一征收区域内的总机构、分支机构可以汇总纳税，也可分别纳税。

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三、关于分公司的撤消

1、如果不是独立核算的话，不用注销，直接并入总公司，毕竟不独立核算的，只有现金、银行存款、票据的进出，涉及费用，不涉及成本、利润。

2、独立核算的，先提交国税局审查增值税及所得税，缴销发票，国税局出具报告后，提交地税局审查营业税、附加税、个税，缴销发票，地税局出具报告，以上该补交税金的补交，完成后，注销开户行，持这三项注销存根联去工商，进行工商注销，上缴公章。以后就是公安上缴法人章、财务章，质量监督局注销代码证。