存疑案件是指犯罪嫌疑人被逮捕后，因事实不清、证据不足，不能认定犯罪嫌疑人有罪而作撤案、存疑不诉或宣告无罪的案件。由于国家赔偿法的制定和实施早于刑事诉讼法的修订，国家赔偿法第十五条只规定了对没有犯罪事实的人错误逮捕的受害人有取得赔偿的权利。从而导致了司法界和学术界对这个问题的看法不一。有的观点认为，存疑案件的当事人具有犯罪嫌疑，有证据证明其有罪，只是因已有的证据尚达不到定罪的要求而推定当事人无罪，因此不存在刑事赔偿问题。另一种观点认为，司法机关在办理刑事案件过程中，只要对犯罪嫌疑人实施了限制人身自由的强制措施，最终又以撤案、存疑不诉或宣告无罪而结案的，无疑是一种对犯罪嫌疑人合法权益的侵害。犯罪嫌疑人由此提起国家赔偿是理当所然的。笔者认为，对存疑案件应当给予赔偿。

第一，现行《宪法》第三十七条规定：“中华人民共和国公民的人身自由权不受侵犯。”据此，人身自由权是公民依法享有的一项固有的、基本的权利，任何组织与个人都不得对其加以非法剥夺和侵害。但由于刑事诉讼活动的危险性，国家在行使司法权力时，难免会使少数无辜公民的权利受到损害。在这种情况下，为使受到损害的无辜公民的权利得到恢复、精神上得到抚慰，国家就应该勇于承担责任并给予赔偿。从宪法角度上讲，这种赔偿实际是一种恢复和弥补。因为，根据宪法的规定，即使是有罪的人，在人民法院作出有罪判决之前，他还是享有宪法赋予每个公民所拥有的人身自由权利，只不过为了保护全社会的利益，司法机关不得已而通过法定程序暂时剥夺或限制其自由。那么，给予最终在法律上被认为无罪的存疑不起诉或宣告无罪者以赔偿，其实质并不是国家施舍或赋予他某项额外的利益，而是把本来就属于他的利益归还给他而已。有的观点认为，对于当时符合逮捕条件的犯罪嫌疑人实施逮捕，但最终认为是无罪的，在这种情况下，对犯罪嫌疑人的羁押是合法的羁押，国家不承担赔偿责任。这种观点实际上是“抓你是对的，放你也是对的”司法专横的表现，是对法治和人权的践踏，在民主与法治的社会里是不允许存在的。

第二，给予存疑案件以国家赔偿，符合修改后刑事诉讼法的立法本意。刑事诉讼法第一百四十条第四款、第一百六十二条第三款明确规定：“对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定”、“证据不足，不能认定被告人有罪的应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决”。这是修改后刑事诉讼法所确立的“无罪推定”和“疑罪从无”的司法原则。根据这一原则，对犯罪嫌疑人、被告人的最终法律评价只有两种：有罪与无罪。如果现有证据不能证明犯罪嫌疑人、被告人有罪，根据刑事诉讼法的规定，只能推定其无罪。在这种情况下司法机关对其所作出的撤销案件、存疑不诉或宣告无罪，实际上就是对“没有犯罪事实”的法律确认。所谓犯罪事实，是指有证据证明的构成犯罪的事实，是按照刑法规定构成某一具体罪名的事实，而不是证据不足，不能确定犯罪嫌疑人、被告人有罪和不需要追究刑事责任的事实。刑事诉讼法意义上的有罪，它是靠充分证据来支撑的，而不是司法人员凭借部分有罪证据作出的主观判断。因此，有的观点认为证据不足不等于没有犯罪事实的观点，实质上是变相的“有罪推定”、“疑罪从有”，与修改后刑诉法所确立的“无罪推定”和“疑罪从无”的司法原则相违背的，应予以抛弃。刑事诉讼法第一百三十七条、第一百四十条、第一百四十一条都明确规定，检察机关提起公诉的案件必须是犯罪事实已经查清，证据确实、充分。追究犯罪，要求事实清楚，证据确实、充分，这是法律赋予司法机关的责任和义务。作为公民、法人和其他组织，面对的只是最终的处理决定。如果最终处理决定是无罪的，那么，对没有犯罪事实的人采取了拘留、逮捕等强制措施，就是侵害了公民的人身自由权利，国家就应当给予赔偿。

因事实不清、证据不足而作结案是刑事诉讼法修改后出现的现象。此类案件的处理结果能否作为刑事赔偿的法律依据，众说不一。有观点认为，存疑不诉其实质是对案件所作暂时不起诉处分，并非对案件的实体处分，不能作为被羁押的犯罪嫌疑人无罪的最终结论。这种看法也与修正后的刑事诉讼法立法精神相违背的。从诉讼流程上看，不起诉（包括存疑不诉）是人民检察院确认犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不追究刑事责任的诉讼处分，具有在起诉阶段终结诉讼的法律效力，并不是对案件的暂挂。当然，证据不足案件不能排除其存在犯罪事实的可能，但这不能作为对此类案件不予赔偿的理由。从实践来看，存疑案件有两种可能，一种可能是嫌疑人的确实施了犯罪行为，只是证据尚不充分无法认定其构成犯罪；另一种可能是嫌疑人根本没有实施犯罪。如果以存疑案件有可能被重新起诉的理由来否定赔偿，这对后一种情形的嫌疑人来说是极不公平的，因为他根本没有实施任何犯罪行为，司法机关不可能再会发现他新的有罪证据。至于对第一种情形的犯罪嫌疑人，检察机关如果发现原来因证据不足不起诉的案件有了新的证据，能证明原案犯罪嫌疑人有罪，可以重新起诉，由法院作出有罪判决；对证据不足判无罪的案件，检察机关可以按照审监督程序提起抗诉，由法院撤销原判，作出有罪判决。但在法院没有作出有罪判决之前，必须对已认定的无罪结论承担赔偿责任。如果法院改判有罪，这时如果原案的犯罪嫌疑人、被告人已经得到了国家赔偿，可以由司法机关追回赔偿的款项，这也并不会有损司法权威。