(一)立法方面存在的问题

1、知识产权海关保护客体的范围过于狭窄。根据我国目前的立法，知识产权海关保护的范围包括商标权、专利权、著作权及邻接权，但是这种客体范围的规定并不适应经济发展的要求。例如就商标权来说，他依然是知识产权海关保护的重点，但不能局限于商标权，还要保护与商标权有密切联系的商号权、知识商品的包装权。因为在实践中发现侵权者极易利用这三者相互联系的权利在边境保护中的漏洞来规避边境保护法律制度。只有对这些权利加以保护，才能为合法商人创造公平的竞争环境。

2、知识产权权利人申请海关保护的成本过高，权利人行使海关保护限制太多。申请保护程序的启动，提出了严格的要求，主要包括：

(1)对申请书的要求申请海关扣留侵权嫌疑货物的，应向海关提交书。申请书必须包括知识产权其及权利人的情况、侵权嫌疑货物及其收发货物人的情况、侵权嫌疑货物可能进出境口岸、时间和运输工具等的内容。对于证据。当权利人要申请海关扣留侵权嫌疑货物的，须向海关提供足以证明侵权明显存在的证据。

(3)对担保的要求。在依申请扣留的程序中，权利人应提供相当于货物价值的担保。若权利人要向海关提出申请，必须事先进行大量的调查取证，掌握了准确的侵权货物进出口的信息，才能提出符合要求的申请。由此可见，权利人申请权利保护的时间、金钱成本都相当的高不(4)申请海关保护费用过重。权利人要申请知识产权备案的，要交纳一笔备案费；权利人要申请扣留侵权嫌疑货物的，还要提供一笔价额不超过货物等值的担保。这些规定都不利于权利人积极行使其权利保护。

4、一些条文规定太过于简单、笼统，不具有实际操作性

(二)海关执法方面存在的问题

首先，执法部门及其工作人员对知识产权海关保护工作的重视程度不够高。其次，执法透明度不高。并且在实体上规定了海关对权利人知识产权的保护，而在程序上没有建立起一套统一透明的执法制度，特别是对采取中止放行或者扣留措施后的方式期限等问题没有明确规定，海关的执法随意性较大。

(三)企业方面存在的问题

目前我国不少企业仍然只热衷于传统的经营模式，关注销售额和市场份额等眼前利益，而且普遍认为，这种的现实的利益大于知识产权管理模式所能带来的利益。这种普遍存在的“重市场业绩，轻知识产权”的问题反过来又制约企业申请知识产权的积极性，严重损害了企业的竞争力。另外权利人对知识产权保护工作与地方知识产权保护工作割裂开来，并未将已注册或授权的商标和专利权及时在海关总署进行知识产权备案。权利人普遍没有专门的知识产权保护机构，也缺乏专职的知识产权保护人员，与执法部门联系配合主动性相对缺乏。