自建厂房拆迁补偿主要分为三部分：1、拆迁资产补偿，包括无法搬迁的土地、房屋、建筑物和地上附着物，以及确因搬迁而发生损失的机器设备而生的补偿；2、拆迁费用补偿，包括搬迁前期费用和搬迁过程中发生的停工费用、机器设备调试修复费用以及物资的拆卸、包装和运输、解聘员工补偿费等费用；3、基于拆迁政策发生的奖励费用，包括速迁费、拆迁奖励费等。

深圳厂房拆迁补偿标准

1、被征收房屋价值的补偿；

2、因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；

3、因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。

市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予一定的补助和奖励。

具体的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。

制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。

如2013年深圳市征收补偿标准

1、住宅搬迁费标准

住宅房屋（含宿舍、公寓、工业配套宿舍）、厂房、办公：每平方米40元；

商业：每平方米60元。

2、住宅临时安置费

实行产权调换的住宅房屋：征收人应当参照同类房屋市场租金按月支付临时安置费；

实行货币补偿的，给予3个月市场租金的临时安置费。

3、停产停业损失补偿

按市场租金给予6个月的一次性租赁经营损失补偿。能依据完税证明提供利润标准的，给予6个月税后利润补偿；不能提供利润标准的，按上年度同行业月平均税后利润额计算或者按同类房屋市场租金，给予6个月的补偿。

4、货币补偿

私房：被征收房屋的价值—10％公告基准地价；

房改房：被征收房屋的价值—土地收益金（房改购买价的1％）。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：（一）被征收房屋价值的补偿；（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。

第二十三条对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。