专利侵权纠纷是指专利权人与未经其许可实施其专利的侵权行为人发生的争议。这类纠纷较为普遍，处理方式也与其他纠纷不同。

(一)专利侵权纠纷的处理模式

1.当事人协商解决

专利侵权纠纷是民事纠纷，由当事人自行协商解决，有利于平息纷争，化解矛盾。修改后的《专利法》第57条首先提倡这种解决方式。但是协商解决不是请求处理或者起诉的专利侵权纠纷的处理模式一般有协商解决、行政处理、司法解决和诉前临时措施前提条件。当事人不愿意协商的，可以直接通过行政或司法程序处理侵权纠纷。

2.行政处理

由管理专利工作的部门处理专利侵权纠纷是实现专利权保护的重要途径。依《专利法》第57条规定，专利管理机关处理侵权纠纷时，有权认定侵权行为是否成立;认定侵权行为成立的，有权责令侵权人立即停止侵权。对专利管理机关的处理决定，当事人不服的，可以在收到处理通知之日起15天内向法院提起行政诉讼。侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，专利管理机关可以申请人民法院强制执行。

专利管理机关也可以对侵犯专利权的损害赔偿问题进行调解。但损害赔偿属于典型的民事救济方式，专利管理机关只能应当事人的请求进行调解，不作处理决定。调解不成的，当事人可向人民法院提起专利侵权的民事诉讼。

3.司法解决

所谓专利权纠纷的司法解决是指为了有效地对侵犯专利权行为予以制裁，给权利人以适当的补救，维护市场秩序，司法机关给予专利权人以必要的司法救济。当专利权受到不法侵害时，专利权人可以直接向人民法院起诉。依照最高人民法院的规定，专利侵权纠纷的第一审人民法院，是各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院、各经济特区的中级人民法院及各地高级人民法院指定、经最高人民法院同意的较大城市的中级人民法院。基层人民法院和其他中级人民法院不能作为第一审法院审理专利侵权纠纷案件。

4.诉前临时措施

诉前临时措施，是指在诉讼开始之前，为制止正在实施或即将实施的侵权行为所采取的措施。修改后的我国《专利法》新增的第61条规定：“专利权人或者利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其专利权的行为，如不及时制上将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。

人民法院处理前款申请，适用《中华人民共和国民事诉讼法》第93条至第96条和第99条的规定。”诉前停止侵权行为的措施，在英美法和大陆法系中被称为“临时性禁令”，TRIPs协议第50条称之为“临时措施”。诉前l临时措施可以理解为专利权人在寻求法律保护特殊的司法救济方法。一方面，权利人还没有实际的损害后果;另一方面，行为人的实施行为却受到了人民法院的禁止。这种保护方法援引了民法上对物权的保护防卫性理论，法律允许专利权人在其权利实际受到侵害之前请求司法机关制止正在实施或者即将实施侵犯其专利权的行为，可以有效地防止即发侵权后果的产生，起到了权利的防卫作用。

因为专利权具有无形性，它不能像有形财产那样为所有人通过占有的方式来保护，它较其他财产权更容易受侵害，因此，对专利权侵权行为的规制，仅局限于侵权行为开始之时，往往会使权利人陷入被动的局面，一旦受到侵害，可能会造成不可弥补的损失。而从事后救济转向事前防卫，则能更为有效地保护权利人的利益。