政策依据

视同买断方式是由委托方和受托方签订协议，委托方按协议价格收取委托代销商品的货款，实际售价由受托方自定，实际售价与协议价之间的差额归受托方所有的销售方式。

由于这种销售本质上仍是代销，委托方将商品交付给受托方时，商品所有权上的风险和报酬并未转移给受托方。因此，委托方在交付商品时不确认收入，受托方也不作为购进商品处理。受托方将商品销售后，应按实际售价确认为销售收入，并向委托方开具代销清单。委托方收到代销清单时，再确认收入。

根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发〔2009〕31号)规定，房地产开发企业采取视同买断方式委托销售开发产品的，属于企业与购买方签订销售合同或协议，或企业、受托方、购买方三方共同签订销售合同或协议的，如果销售合同或协议中约定的价格高于买断价格，则应按销售合同或协议中约定的价格计算的价款于收到受托方已销开发产品清单之日确认收入的实现;如果属于前两种情况中销售合同或协议中约定的价格低于买断价格，以及属于受托方与购买方签订销售合同或协议的，则应按买断价格计算的价款于收到受托方已销开发产品清单之日确认收入的实现。

根据《财政部、国家税务总局关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》(财税〔2009〕29号)规定，非保险企业发生与生产经营有关的手续费及佣金支出，要在企业所得税税前进行扣除，必须具备以下五个条件：

一是按与具有合法经营资格中介服务机构或个人(不含交易双方及其雇员、代理人和代表人等)所签订服务协议或合同确认的收入金额的5%计算限额进行企业所得税税前扣除，超过部分不得在所得税税前扣除。

二是企业支付的手续费及佣金不得直接冲减服务协议或合同金额，并如实入账。

三是除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。

四是企业应当如实向当地主管税务机关提供当年手续费及佣金计算分配表和其他相关资料，并依法取得合法真实凭证。

五是企业不得将手续费及佣金支出计入回扣、业务提成、返利、进场费等费用。

根据国税发〔2009〕31号文件规定，房地产开发企业委托境外机构销售开发产品的，其支付境外机构的销售费用(含佣金或手续费)不超过委托销售收入10%的部分，准予据实扣除。

从上述法规内容，可以看出，在所得税汇算过程中针对房地产企业收入确认和销售费用有明确的规定。

结论

1.甲公司应按销售合同或协议中约定的价格计算的价款于收到受托方已销开发产品清单之日确认收入11000000元，故甲公司少计应税收入1000000元。

2.根据《国家税务总局关于房产开发企业销售不动产征收营业税问题的通知》(国税函发〔1996〕684号)规定，在合同期内房产企业将房产交给包销商承销，包销商是代理房产开发企业进行销售，所取得的手续费收入或价差应按“服务业——代理业”征收营业税;在合同期满后，房屋未售出，由包销商收购，其实质是房产开发企业将房屋销售给包销商，对房产开发企业应按“销售不动产”征收营业税;包销商将房产再次销售，对包销商也应按“销售不动产”征收营业税。故甲公司应按销售不动产缴纳营业税550000元，甲公司少列支营业税50000元。

3.甲公司支付给乙公司1000000元，为实际售价与协议价之间的差额，应按销售代理手续费税前列支。销售代理手续费按所签订服务协议或合同确认的收入金额的5%计算限额进行企业所得税税前扣除，超过部分不得进行所得税税前扣除。故甲公司多列支销售代理手续费550000元。

因此，甲公司少计应纳税所得额40万元。