关于有限责任公司的公司回购股权问题，在实践中有基于协议或法律等两种回购方式，其所面临的法律风险各有不同。

1、基于协议的公司股权回购中的法律风险。值得注意的问题是，在实践中，有限责任公司股东内部或公司与股东往往约定在特定条件下由公司收回股权的问题，实际上是股权的内部转让问题。因为法律禁止股东抽回出资，而有些投资人的出资投机性较强，其他股东也只是出于资金上的不足，才与其合作，而有限责任公司股东之间特别需要信任的支持，因此，往往会通过股东协议的方式约定在满足特定条件下，由公司收回部分股权的问题，股东的出资并未抽回，只是在股东之间发生了变动，这并不违背法律规定。针对以上问题，股权内部转让的特别约定可考虑通过公司章程予以体现。一方面，法律允许公司章程充分体现股东的意志或利益，只要不违反法律的规定，就具有法律效力。另一方面，由于公司章程的修改需经过严格的程序，对股东权益的确认和保护具有积极的作用。

2、基于法律的公司股权回购中的法律风险。值得注意的是，这里仅指公司回购异议股东的股权，而且这种回购是异议股东行使回购请求权的结果，是法律对中小股东权益的特殊保护，在符合法定条件下，公司必须收购有关股东的股权。所谓异议股东行使回购请求权是指当股东会议决议事项与股东有重大利害关系时对股东会决议投反对票的股东有权请求收购其股权，也即退股，它是股权转让的特殊救济途径。对高新技术企业而言，异议股东若强制性回购股权，意味着企业对中小股东利益造成了损害，其根本原因股东权利无法保障，而且如果不退出的话，将造成更为严重的损害。根据法律规定，异议股东股权回购权的发生需要满足以下条件：

（1）提出主体的特殊：必须是在股东会上对上述事项的决议投了反对票的股东，其他股东则无权行使该项权利，包括未参加股东会而事后称欲投反对票的。投反对票必须有书面记载，如股东会会议记录。

（2）回购前提的特殊：可以概括为应分配利润而不分配、应解散而不解散、公司合并、分立或者转让其主要财产等三种情形。可以看出，股份回购有着严格的前提条件，不具备法定实体条件，不能主张回购权。

（3）程序上的特点：异议股东应当在股东会决议通过之日起六十日内与公司达成收购协议，否则，可在股东会决议通过之日起九十日内提起诉讼。可以看出，异议股东可以提起股权回购之诉，增加了股权回购的可能性。