1、主体之间的不平等：企业、单位相对与劳动者之间存在着不同程序的权利不平等因素。

2、建立关系的合同的表现形式不同：人事争议与工作人员之间是聘用合同关系，解决的是“事业单位与其工作人员之间因辞职、辞退及履行聘用合同所发生的争议”;劳动争议之间是劳动合同关系，解决的是“因企业开除、除名、辞退职工和职工辞职、自动离职;因执行国家有关工资、保险、福利、培训、劳动保护的规定;因履行劳动合同发生的争议以及法律、法规规定应当依照本条例处理的其他劳动争议。”

值得注意的是，不论那类合同，凡是因履行合同发生的争议范围所包容的争议事项都是非常宽的，故有法官认为“以履行聘用合同发生的争议来界定人事争议范围太大”。

3、国家实现管理职能的主体以及管理关系不同：人事关系是国家人事行政管理机关对国家机关、事业单位以及工作人员之间存在的是一种具有直接利害关系的行政法律关系。劳动关系是国家劳动行政管理机关监督各类企业执行国家劳动法律法规，从而实现以保护劳动者合法权益为主的一种非直接利害关系的监督关系。国家劳动行政管理机关与、各类企业、劳动者之间不具有直接的行政法律关系。

4、由于我国多年的体制，凡属于人事部门下达人事编制、受其管理的是干部;凡属于劳动部门职能范围内的单位的职工均为工人。

5、在我国实行劳动制度改革，逐步过渡到全员劳动合同制近20年后的现代企业组织中，一般情形下没有干部身份的人员存在，企业与职工之间是完全的劳动合同关系，即劳动用工关系。

发生劳动争议只能到劳动争议仲裁委申诉。而事业单位中的人员情形就比企业复杂得多，其中有国家事业单位干部(具有人事编制的人员)、有聘用制干部(有称合同制干部，社保机构认为，这类干部应当与工人一样参加养老保险，实质上就是工人，类似于国营企业改革前的以工代干的情形。但聘用制干部仍是人事部门下达了编制的人员)、有事业单位聘用人员、社会聘用人员、固定工、临时工等类别，这些人员与事业单位之间的关系由不同的合同关系所联系，其工资待遇、分配制度也有所不同，这也产生了不同的用人法律关系。

发生争议后，一般是具有人事编制的人员方可到人事争议仲裁委进行申诉(但目前已不是单一的这种情形)，其他人员应作为劳动合同关系或视为劳动合同关系到劳动争议仲裁委申诉。

6、劳动争议解决的是由劳动法律所调整的社会劳动关系。而人事争议解决的是人事政策文件所调整的社会关系上的部分人事用人及其他关系。在事业单位中存在着内部行政处分争议，而企业中一般表现为劳动关系，而不表现为企业内部行政关系。