破产案件立案的实质审查，仅指对破产申请的初步实质审查。

1、债权人据以申请的债权是否合法。债权人的债权是其申请债务人破产的依据，必须对之进行实质审查，尤其是对未经生效法律文书确认的债权，以防止作为破产申请依据的债权存在瑕疵。

2、债权人据以申请的债权是否受到限制。对于申请债权的限制，我国法律规定尚不够详细，导致了理论上不同意见与司法实务上的不同作法。笔者认为，在当前的政治、法律环境下，法院应本着“宜严不宜宽”的原则去处理。比如，上海市高院发布的《企业破产案件规范审理的意见》中提出，法院应核对“申请人的债权在债务人企业不能偿还的到期债务中所占的比例”，这就隐含了对最低债权额的限制。比如，法律规定破产原因为“不能偿还到期债务”，法院就不宜让未到期债权人作为破产程序的始发动者，但可以让其加入破产程序中申请债权。又比如，对于有财产担保的债权人，法院不应让其作为申请人，除非其明示放弃就担保物优先受偿的权利。此外，对于外国债权人提出的申请，应本着国民待遇原则，对其申请权进行相应限制。

3、债务人有无破产能力。审查债务人的破产能力，包含两层意思：a、债务人是否为企业法人。我国现行法律规定仅有企业法人才可以破产，非营利法人、其他经济组织如合伙、联营以及自然人均不具备破产能力。审判实践中应注意，破产企业有可能出资不足或者抽逃注册资金，甚至达不到法人成立条件，法院应责令其开办单位补足，否则不予受理破产申请。发现注册资金未达到法定最低数额而不具备法人资格的，应告知其不能申请破产。b、债务人是否拥有一定的可执行财产来启动破产程序。如果债务人已经难为给付启动破产程序所需的费用，如清算组的费用、对财产进行监管的费用等等，强行启动程序只能浪费钱财和时间，因此在立案审查时，有必要初步查明债务人有无可供执行的财产。

4、对破产原因的初步审查。在立案阶段，法院对破产原因的审查，只对债务人或者债权人所提供的债务人不能清偿债务的证据进行初步审查为限。已有证据证明债务人不能清偿债务或者证明债务人有不能清偿债务的可能的，可以基本确认存在破产原因;至于债务人是否真正存在破产原因而应受破产宣告，只能在法院受理破产案件后经调查予以确定。如果申请人没有证据证明债务人不能清偿债务，即不能证明存在破产原因时，法院应驳回破产申请。但是，如何认定破产原因，则有不同做法。《破产法》第3条对破产原因的规定为三元结构：“企业因经营管理不善造成严重亏损，不能清偿到期债务的，依照本法宣告破产。”这种三元结构体现了一种逻辑关系，即企业不能清偿到期债务必须是由于严重亏损导致的，而严重亏损又是因经营管理不善造成的。若是经营管理不善之外的原因造成亏损，如计划性或政策性亏损所造成的不能清偿到期债务，则不能作为破产原因。可见，法律对全民所有制企业法人破产的界限要求较严格，债权人申请其破产时较难证明存在破产原因。而我国《民事诉讼法》对破产原因则采用二元结构：“企业法人因严重亏损，无力清偿到期债务”，但实践中难以把握严重亏损的尺度。笔者认为，在初步审查破产原因时应采用一元化标准，即以“企业不能清偿到期债务”为企业破产的唯一原因，具体而言指：债务的清偿期限已经届满;债权人已要求清偿;债务人明显缺乏清偿能力。