一、检察院自侦案件由谁审查起诉?

自侦案件由人民检察院审查起诉，在中国，审查起诉活动是人民检察院职权之一，是刑事诉讼法规定的必经程序。在审查起诉中，人民检察院对侦查阶段查明的犯罪事实和搜集的证据进行全面复查，既是对侦查工作的检查和验收，又是侦查工作的深入和发展，其目的是进一步保证案件的质量。

检察院自侦案件的审查起诉期限一般是三十天。检察院要在三十天内做出是起诉还是不起诉、怎样起诉的决定，如果案情特别复杂三十天还不能做决定，那么还可以多给十五天的时间。要是检察院在审查案情过程中发现这个案件不应该自己管，就应该移交给该管理的检察院。

二、哪些案件直接由检察院立案?

依据相关法律的规定，人民检察院立案管辖的案件一般是属于国家机关工作人员贪污、受贿等职务犯罪的案件。

《人民检察院刑事诉讼规则》

第八条人民检察院立案侦查贪污贿赂犯罪、国家工作人员的渎职犯罪、国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪案件。

贪污贿赂犯罪是指刑法分则第八章规定的贪污贿赂犯罪及其他章中明确规定依照第八章相关条文定罪处罚的犯罪案件。

国家工作人员的渎职犯罪是指刑法分则第九章规定的渎职犯罪案件。

国家机关工作人员利用职权实施的侵犯公民人身权利和民主权利的犯罪案件包括:

(一)非法拘禁案(刑法第二百三十八条);

(二)非法搜查案(刑法第二百四十五条);

(三)刑讯逼供案(刑法第二百四十七条);

(四)暴力取证案(刑法第二百四十七条);

(五)虐待被监管人案(刑法第二百四十八条);

(六)报复陷害案(刑法第二百五十四条);

(七)破坏选举案(刑法第二百五十六条)。

第九条国家机关工作人员利用职权实施的其他重大犯罪案件,需要由人民检察院直接受理的时候,经省级以上人民检察院决定,可以由人民检察院立案侦查。

一般的刑事案件也不可能直接由人民检察院自行侦查，在国家把反贪部门和检察院逐步分离开来之后，其实也就是在逐步剥离人民检察院的职能。但是，检察院自侦的案件也不可能有其他司法部门负责审查起诉的工作。具体可以由上一级人民检察院负责案件的侦查质量。