上海技术合同认定的办理机构是当地的科学技术行政部门，具体负责办理技术合同的认定登记工作。科学技术部管理全国技术合同认定登记工作。省、自治区、直辖市和计划单列市科学技术行政部门管理本行政区划的技术合同认定登记工作。省、自治区、直辖市和计划单列市科学技术行政部门及技术合同登记机构，应当通过技术合同的认定登记，加强对技术市场和科技成果转化工作的指导、管理和服务，并进行相关的技术市场统计和分析工作。

一、技术开发合同免税如何申请？

1、去公司所在的区科委领取技术开发合同的标准样本，或者去市技术市场管理办公室的网站下载

2、根据双方已经订立的合同为依据填写标准样本合同并双方签字和盖章(若双方订立的合同是英文需要专门翻译机构翻译成中文后加盖翻译章)

3、递交填写好的样本合同同时把双方订立的原始合同作为附件

4、大约五个工作日左右会得到科委的批复，若通过认证，则取得一张技术开发合同的登记证明

5、立马可以将得到科委认证的合同和登记证明递交到上海市技术市场管理办公室

6、大约十天左右可以得到批复，若通过，则在合同上会印有上海市技术市场管理办公室的合同认定章

7、此时已经证明此合同属于技术开发合同，可以去相关税务部门申请免营业税

8、去税务局购买印花税(总金额的万分之三)贴在合同规定处

9、去专管员处领取申请免税的清单和资料(可以免除5%的营业税和相应的附加税)

提交申请后十天左右即可得到税务局的最终批复(此过程中材料相对简单)

10、当得到最终认定免税的通知后，即可开具发票给客户，并在当月申报过程中填写免税金额，以抵消税款

二、技术合同认定是由那方去认定

根据科技部的规定，技术合同认定登记应由卖方（技术输出方）在其依法注册地区任选一个登记机构申报，每项合同只能登记一次，不能在一个或多个登记机构重复登记。涉外技术合同中，外方为卖方的，可以委托卖方（卖方出具授权委托书给买方）在其所在地进行认定登记。

技术合同认定到科技管理部门来进行办理，法律规定科学技术部管理全国技术合同认定登记工作。省、自治区、直辖市和计划单列市科学技术行政部门管理本行政区划的技术合同认定登记工作。地、市、区、县科学技术行政部门设技术合同登记机构，具体负责办理技术合同的认定登记工作。