农村土地承包经营权确权登记的流程：

第一步：准备前期资料。收集整理承包合同、土地承包台帐、登记簿、农户信息等资料，形成农户承包地登记基本信息表；制作用于调查和实测的基础工作底图。

第二步：入户权属调查。根据基础工作底图和农户承包地登记基本信息表，入户实地进行承包地块权属调查，由农户进行确认。对存在争议的地块，待争议解决后再登记。

第三步：测量地块成图。按照农村承包土地调查技术规范对承包地块进行测量和绘图，并标注地块编码和面积，形成承包土地地籍草图。

第四步：公示审核。由村、组土地承包经营权确权登记工作组审核地籍草图后，在村、组公示。有异议的，及时进行核实、修正，并再次公示；无异议的，由农户签字确认后作为承包土地地籍图，由村组上报乡（镇）人民政府。乡（镇）人民政府汇总并核对后上报县（市、区）人民政府。

第五步：建立登记簿。根据乡镇上报的登记资料，由县（市、区）农村土地承包管理部门按照统一格式建立土地承包经营权登记簿。土地承包经营权登记簿应当采用纸质和电子介质，并进行异地备份。

第六步：完善承包经营权证书。各地根据实际，依照土地承包经营权登记簿记载内容，适时对承包经营权证书进行完善。

第七步：建立农村土地承包管理信息系统。县（市、区）农村土地承包管理部门应当根据登记过程中形成的影像、图表和文字等材料，按照统一的标准建立农村土地承包信息数据库和农村土地承包管理信息系统，实现农村土地承包管理信息化。

第八步：资料归档。按照档案管理相关规定，将农村土地承包经营权确权登记资料整理归档保存。

一、土地承包经营权证去哪里办

根据《民法典》第三百三十三条规定：土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。

那么农村土地承包经营权证去哪里办理呢？根据不同的经营承包经营方式（以家庭承包经营的承包方、其他方式承包经营的承包方）由县级以上地方政府依法登记、审核、核发。县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等具体工作。

乡（镇）人民政府农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核。符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。

二、土地承包经营权证遗失了怎么办

农村土地承包经营权证遗失可以补办。

根据《农村土地承包经营权证管理办法》规定：

第十七条农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的，承包方应向乡（镇）人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。

经乡（镇）人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。

第十八条办理农村土地承包经营权证换发、补发手续，应以农村土地经营权证登记簿记载的内容为准。

第十九条农村土地承包经营权证换发、补发，应当在农村土地承包经营权证上注明“换发”、“补发”字样。

为此，农村土地承包经营权证遗失依照上述规定申请补发，并依照第十九条规定在农村土地承包经营权证上注明“换发”、“补发”字样。