生产伪劣种子罪有以下惩罚：生产者以不合格的种子冒充合格的种子，使生产遭受较大损失的，构成生产伪劣种子罪，应处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金；使生产遭受重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金。

生产伪劣种子罪与破坏生产经营罪的界限是什么

认定本罪要注意与破坏生产经营罪的区别。其主要是：

（1）本罪一般是出于非法牟利的目的，后罪则是出于泄愤报复或者其他个人目的；

（2）本罪在客观方面一现为生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子并使生产遭受较大损失的行为。行为与结果之间并非直接相连，而是通过消费者购买并使用了所生产、销售的农药、兽药、化肥、种子后才发生危害结果的。生产、销售的行为与危害结果之间有一段相当长的时间；而后罪则是采用毁坏机器设备、残害耕畜等直接方法破坏生产经营，行为与危害结果之间直接相连，没有被害人从中介人这一因素；

（3）本罪所侵害的客体是国家有关农药、兽药、化肥、种子等农用生产资料质量的管理制度和农业生产，对象具有不特定性，后罪的客体则是某一单位的生产经营，对象具有特定性；

（4）本罪的主体不仅限于自然人，而且还包括单位；而后罪的主体则只有自然人才能构成。

生产伪劣种子罪在认定的时候需要和破坏生产经营罪作区分。生产伪劣种子罪一般是以非法牟利作为目的，而破坏生产经营罪，一般主要是以泄愤报复作为目的或者是有其他个人目的。生产伪劣种子罪量刑一般在三年以下的有期徒刑。

《刑法》第一百四十七条

生产假农药、假兽药、假化肥，销售明知是假的或者失去使用效能的农药、兽药、化肥、种子，或者生产者、销售者以不合格的农药、兽药、化肥、种子冒充合格的农药、兽药、化肥、种子，使生产遭受较大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金；使生产遭受重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金；使生产遭受特别重大损失的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处销售金额百分之五十以上二倍以下罚金或者没收财产。