按照《民事诉讼法》和《民事证据规定》确定的法律要件分类说的举证责陲的分配规则，主张权利存在的当事人对作为该权利发生原因的事实(权利根瞎事实)承担证明责任，而主张权利不存在(对权利存在争议)的当事人对作为权利消灭原因的事实(权利消灭事实)承担证明责任。劳动者主张加班费的诉讼请求，其法律属性为主张劳动报酬请求权。因此，劳动者应当对劳动报酬青求权发生原因的事实即加班的事实承担举证责任。

由于劳动者承担加班事实的举证责任(客观证明责任)，该证明责任的分配也会影响劳动者的举证活动。例如，在劳动者提出加班费的诉讼请求后，如果劳动者未提出证明加班事实存在的证据或者提出的证据难以使法官产生确信，则主观证明责任于此发挥作用，亦即，即使用人单位未提出任何相反证据，劳动者也将承担诉讼请求得不到支持的不利后果。

如果劳动者提出来的证据使法官产生内心确信，而用人单位未提出相反证据或者提出的证据难以动摇法官的内心确信，则用人单位承担不利后果。反之，如用人单位提出的证据能够动摇法官的内心确信，则劳动者仍应承担诉讼请求难以得到支持的不利后果。换言之，加班事实要么存在、要么不存在，法官都应作出相应判决，这些都是主观证明责任发挥作用的场合。但是，如果在法官进行证明评价之后仍然难以产生内心确信，则该事实处于真伪不明的状态，此时客观证明责任发挥作用，由承担证明责任的劳动者承担不利后果。

关于用人单位证明妨碍的法律后果，推定该主张成立。推定该主张成立，就意味着“该证据的内容不利于证据持有人”的主张成立，所以这里指的是该证据的内容成立，亦即该证据所能够证明的事实成立，而非证据本身。由此来看，这里的推定是一种事实推定，由于被规定在司法解释中，即经验法则被法定化，因此，又是一种法律推定。

对用人单位承担的不利后果，实践中存在两种不同理解，一种理解是劳动者加班费请求权成立，另外一种理解是劳动者主张的加班事实成立。由于《民事证据规定》中妨碍证明的法律后果是一种法律上的事实推定，因此，从体系解释来看，“不利后果”也应当理解为劳动者主张的加班事实被推定。

审判实践中，一种观点认为，既然《工资支付暂行规定》规定了用人单位保存工资支付凭证的义务至少为两年，则用人单位仅有义务提供两年工资支付凭证的证据，因此，如果有证据证明用人单位掌握加班事实存在的证据的，人民法院也只能判决两年的加班费。