一、企业补缴税款的程序

企业所得税一般按季度缴纳，税率是25％，所得利润乘以税率就是应交所得税。

如果你企业是小微企业年利润在50万以下，可以减半按20％税率来征收，实际就是按利润的10％缴纳企业所得税，包含汇算清缴的调增额。

二、企业所得税补缴流程

补交的按规定必须去单独补交。你自行写个自查补税说明，然后去国税局补交自查补税就行了，当然滞纳金是要收的。

三、企业所得税扣除项目

企业所得税法定扣除项目是据以确定企业所得税应纳税所得额的项目。企业所得税条例规定，企业应纳税所得额的确定，是企业的收入总额减去成本、费用、损失以及准予扣除项目的金额。成本是纳税人为生产、经营商品和提供劳务等所发生的各项直接耗费和各项间接费用。费用是指纳税人为生产经营商品和提供劳务等所发生的销售费用、管理费用和财务费用。损失是指纳税人生产经营过程中的各项营业外支出、经营亏损和投资损失等。除此以外，在计算企业应纳税所得额时，对纳税人的财务会计处理和税收规定不一致的，应按照税收规定予以调整。企业所得税法定扣除项目除成本、费用和损失外，税收有关规定中还明确了一些需按税收规定进行纳税调整的扣除项目。

1、利息支出的扣除。纳税人在生产、经营期间，向金融机构借款的利息支出，按实际发生数扣除；向非金融机构借款的利息支出，不高于按照金融机构同类、同期贷款利率计算的数额以内的部分，准予扣除。

2、计税工资的扣除。条例规定，企业合理的工资、薪金予以据实扣除，这意味着取消实行多年的内资企业计税工资制度，切实减轻了内资企业的负担。但允许据实扣除的工资、薪金必须是合理的，对明显不合理的工资、薪金，则不予扣除。今后，国家税务总局将通过制定与《实施条例》配套的《工资扣除管理办法》对合理的进行明确。

3、在职工福利费、工会经费和职工教育经费方面，实施条例继续维持了以前的扣除标准（提取比例分别为14％、2％、2．5％），但将计税工资总额调整为工资薪金总额，扣除额也就相应提高了。在职工教育经费方面，为鼓励企业加强职工教育投入，实施条例规定，除国务院财税主管部门另有规定外，企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额2．5％的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。

4、捐赠的扣除。纳税人的公益、救济性捐赠，在年度会计利润的12％以内的，允许扣除。超过12％的部分则不得扣除。