不可以。仅有增值税发票不能作为已付款凭证或者说不能认定付款事实。因为在使用一般发票进行买卖交易的场合，通常情况下是在付款后再开具发票，或是开具发票行为与付款行为同时进行，发票在此种情况下可以作为付款凭证，证明已付款的事实。

但在使用增值税发票进行交易的场合，这种专用发票具有证明销售方已尽纳税义务和购买方进项税额的作用，因而它就又具有了确定最终应付价款准确数额的作用，但并不能起到物权凭证的作用。所以，为了以增值税发票证明付款的事实，其仍需另外举证补强，以其他证据如进帐单、支票存根等付款凭证来作为已付款的依据，否则，增值税发票就不能作为已付款凭证。

一、增值税发票开具条件

增值税专用发票必须按下列规定开具：

1、项目填写齐全，全部联次一次填开，上、下联的内容和金额一致。

2、字迹清楚，不得涂改。如填写有误，应另行开具专用发票，并在误填的专用发票上注明“误填作废”四字。如专用发票开具后因购货方不索取而成为废票的，也应按填写有误办理。

3、发票联和抵扣联加盖单位发票专用章，不得加盖其他财务印章。根据不同版本的专用发票，财务专用章或发票专用章分别加盖在专用发票的左下角或右下角，覆盖“开票单位”一栏。发票专用章使用红色印泥。

4、纳税人开具专用发票必须预先加盖专用发票销货单位栏戳记。不得手工填写“销货单位”栏，用手工填写的，属于未按规定开具专用发票，购货方不得作为扣税凭证。专用发票销货单位栏戳记用蓝色印泥。

5、开具专用发票，必须在“金额”、“税额”栏合计(小写)数前用“￥”符号封顶，在“价税合计(大写)”栏大写合计数前用符号封顶。

购销双方单位名称必须详细填写，不得简写。如果单位名称较长，可在“名称”栏分上下两行填写，必要时可出该栏的上下横线。

6、发生退货，销售折让收到购货方抵扣联、发票的处理方法。

7、税务机关代开专用发票，除加盖纳税人财务专用章外，必须同时加盖税务机关代开增值税专用发票章，专用章加盖在专用发票底端的中间位置，使用红色印泥。凡未加盖上述用章的，购货方一律不得作为抵扣凭证。

8、不得拆本使用专用发票。