非法行医单位犯罪的立案标准为：1、造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；2、非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；3、造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的；4、使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的。

非法行医罪的立案标准

最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件

立案追诉标准的规定（一）

第五十七条［非法行医案（刑法第三百三十六条第一款）］未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：

（一）造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的；

（二）造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；

（三）使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；

（四）非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；

（五）其他情节严重的情形。

具有下列情形之一的，属于本条规定的未取得医生执业资格的人非法行医：

（一）未取得或者以非法手段取得医师资格从事医疗活动的；

（二）个人未取得《医疗机构执业许可证》开办医疗机构的；

（三）被依法吊销医师执业证书期间从事医疗活动的；

（四）未取得乡村医生执业证书，从事乡村医疗活动的；

（五）家庭接生员实施家庭接生以外的医疗活动的。

本条规定的轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍、中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，参照卫生部《医疗事故分级标准（试行）》认定

《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第五十七条［非法行医案（刑法第三百三十六条第一款）］未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：（一）造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的；（二）造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；（三）使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；（四）非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；（五）其他情节严重的情形。