笔迹鉴定结果是可以确认无效的，如果确实存在结果是违法或者和事实完全背离就可以申请要求重新再检查一遍，如果第二遍的结果相矛盾就要确认第一次的结果是无效的。但是如果因鉴定结论错误不服而要推翻，则一定要坚持申请重新鉴定。那么取得法官对重新鉴定的支持就是首要目的。当事人就不能单纯的只是提出申请，而要围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由，要尽量搜集证据，要尽其所能。比如对鉴定结论提出充分有据合法合理的异议，包括针对鉴定程序和鉴定结果等等。这方面，可以参考的法律依据为最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第27条规定“当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应当准许：

（一）鉴定机构或鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；

（二）鉴定程序严重违法的；

（三）鉴定结论明显依据不足的；

（四）经过质证认定不能作为证据使用的其他情形”内容，以及第28条规定“一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳，并申请重新鉴定的，人民法院应予准许”等内容。但“何谓“鉴定程序严重违法”、“鉴定结论明显依据不足”、“经过质证认定不能作为证据使用的其他情形”、“有证据足以反驳”并无明确和具体的标准。所以就大有文章可做，完全在于当事人自己的努力了。聘请专业律师就显得尤为重要。比如，有些当事人在提出重新鉴定申请后并不能提出充分的理由，或者提出了充分的理由而法官并不支持。那么可能最终会放弃重新鉴定申请，或者无奈得同意不满意的鉴定结论。很多当事人不懂得可以利用依法申请法官回避或者投诉的手段来达到重新鉴定的目的。；向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的。如果司法鉴定机构违法违纪进行司法鉴定活动，则可以向省级司法行政部门投诉。司法行政部门可以对其违法行为进行调查和处理从而使得原鉴定结论作废或者司法鉴定结构主动撤销违法的鉴定结论。当前的司法鉴定实践中，鉴定机构作为商业主体很多都存在委托受理把关不严，鉴定结论草率，鉴定程序不规范，鉴定暗箱操作及受贿腐败的问题。所以投诉举报司法鉴定机构违法行为的方式也是可以考虑选择的。主动搜集其他证据推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据。细心的当事人会发现，正规的司法鉴定意见书首页会有一份“声明”。其内容往往包括什么委托人应当向鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责之类的话语。言外之意，鉴定意见是基于检材真实、完整、充分、合法等基础之上。如果我们能够搜集到有关否定检材真实、完整、充分、合法的证据，则鉴定意见失去基础，自然不能作为定案证据。另外，针对那些缺乏分析论证只有粗糙含糊性结论的鉴定意见书，我们也可以自行委托更加权威的鉴定机构来做出精益求情论述细致严密的鉴定意见来向法庭提交。尽管这种鉴定意见可能法官不予理睬。但对法官绝对会起到一定的影响。因为都是意见，法官更喜欢意见的分析推理而不只是口号性的结论。综上所述，笔迹鉴定在诉讼中检查某个文书的证据是不是有效和真实的重要环节，但是鉴定始终是一种检查而不是证据本身，虽然出错的可能性比较小却也应该赋予当事人要求重新鉴定的权利，只要是发现鉴定的程序和过程违法也是可以变成无效的。