2、法律和政策的衔接不协调是纠纷产生的法制性根源。从1983年1月中共中央关于《当前农村经济政策的若干问题》的出台，到2003年3月《中华人民共和国农村土地承包法》、2005年7月最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》的实施，历经20余年的发展过程中，我国对农业土地承包经营中产生纠纷的解决，走过了主要依靠政策调整到以政策调整为主、法律调整为补充，再到政策调整与法律调整并重直到目前主要依靠法律调整的历程。我国多年来农村土地政策不太稳定，几经变化，而土地是不能随着人的观念的改变而随意改变的，法律、政策的多变性和灵活性与土地变动缓慢的过程性、滞后性产生矛盾。例如我国在实行家庭联产承包责任制后，曾经推广过“两田制”，即实行口粮田和责任田两种土地使用制度，而在这种制度被国家认定不利于土地的长期利用之后，很多地区却还在积极的继续施行，与国家政策和法律脱节。2003年新的《农村土地承包法》的颁布，2005年7月最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》的规定，扩大了农民的土地处分权，土地承包最低30年不变，但是因为历史原因形成的土地现状的混乱，使得法律和现实脱节，使良好的法律政策无法实际良性运行。我国法律、政策的多变性，与历史原因形成的农村土地现状混乱，以及我们没有根据国家法律、政策的改变对土地政策及时调整产生的矛盾，导致农村土地纠纷的大量产生。

3、农民利益分化是纠纷产生的结构性根源。随着农村经济体制改革的不断深入，国家和政府在逐步加大对农业的各项投资建设，涉及农村和农业的政策也逐渐向着农民利益倾斜，因此在相当长的时间内，农村土地的增值成为必然。然而我国人地矛盾十分突出，因此纠纷产生就有其不可避免的结构性因素。这几年土地承包价格上涨十分明显，前几年一亩地承包价格是几十元甚至十几元、几元，现在涨到了每亩300元、500元，土地发包初期没有提出异议或进行荒地开发时没有提出异议，后来经开发土地状况变好或种植的农产品价格上涨，土地承包者获得了较大利益，土地所有的村集体组织成员，因利益驱动心理不平衡产生纠纷。

4、地方政府职能错位是纠纷产生的体制性根源。在社会转型期，政府职能错位、行为失范的现象时有发生。在政府与农民的关系上，表现为：(1)有些政府行为不规范，对农民的自主经营权干预过多，时有越权处理农村的具体承包合同，对山林、池塘水库等承包合同的干涉尤为突出，甚至违法行政侵害农民的土地利益;(2)有些乡镇政府工作不到位，缺乏必要的村、镇干部行政规范指导，造成农村承包合同的订立和履行以及土地使用证书的发放和管理中不必要的失误，导致纠纷的产生。

5、基层组织社会控制力弱化是纠纷产生的社会性根源。社会转型期使人情社会逐渐走向理性社会，由对人的依赖逐步走向了对物的依赖，人的组织认同感、归属感逐渐淡化，基层组织的社会控制力明显弱化。这一点在农村表现的尤为突出，乡村基层组织自律不严，民主法制意识淡薄，损害群众利益的行为经常发生，对群众的号召力、凝聚力和说服力大大减弱。从调查的情况看所有土地使用权流转、农地征用、及农村集体经济收益分配等纠纷，均是由于村基层组织实施的重大决策没有按照村民委员会组织法的规定运作，没有召开村民大会或村民代表大会方式进行民主决议，损害了农民民主权利和财产权利而引起。群众的利益一旦受到损害，在本地区本组织内难以解决或无法解决后，通过法律途径解决已成为人们的普遍性选择。