农民工恶意讨薪的处理如下：

1、如果遭遇到农民工的恶意讨薪，当事人可以选择先报警，让警察用专业的能力处理这件事；

2、如果包工头在恶意讨薪的过程中，对当事人的人身安全和经济构成了威胁，当事人可以通过向法院提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。

一、农民恶意讨薪罪的构成要件具体如下：

1、违反社会治安管理规定，造成严重影响的；

2、采取爬楼、爬吊塔、切断水电、冲击施工现场等方式，妨碍正常施工现场管理、办公秩序，造成严重损失的；

3、采取敲诈、勒索、胁迫索取建设领域工程款、材料款、劳务款或农民工工资等方式，涉嫌欺诈或以合同纠纷为由蓄意闹事的；

4、组织农民工或非施工现场人员参加聚集或闹事的；

5、不服从政府部门管理，威胁相关政府工作人员人身安全等严重影响政府有关部门调处的。

二、恶意讨薪的表现形式如下：

1、低价承接工程，高价讨要工资；

2、采用少量人员承接工程，聚集大量农民工讨要工资；

3、在施工过程中产生质量、安全、进度问题，拒绝承担协议责任，与发包方发生矛盾；

4、利用工人讨薪的形式解决工程各方合同纠纷；

5、少数社会劳务分包人员，私自揽活随意要价，利用农民工的特殊身份实施恶意讨薪包工头发生亏损或价款支付不到位的情况下，不履行协议，指使农民工以拖欠工资的名义向中标单位追要。

农民工讨薪申请有哪些步骤？

1、收集有关证据，如劳动合同、用工协议、考勤卡、工资单、上岗证、欠条，完成任务记录等可以证明本人与用人单位存在劳动关系的凭据。

2、拿到这些凭据后，就可凭这些凭据与用人单位负责人交涉，要求对方支付本人应得的工资报酬。

3、如果该用人单位继续无故拖欠、克扣工资，就告知用人单位负责人，自己将通过法律途径解决。

4、凡发生在建筑企业的工资拖欠问题，农民工可持有关凭据及时向区建设局建筑工程管理处投诉。

5、凡发生在非建筑企业的用人单位拖欠工资问题，农民工可持有关凭证先到企业所在镇乡（街道）劳动和社会事务服务站（以下简称劳动服务站）投诉，也可直接向区劳动和社会保障局投诉。

农民工工资一旦被拖欠，一定要懂得用合理合法手段来讨薪。农民工讨薪申请可以通过申请支付令和申请仲裁等法律武器，前提要收集如劳动合同等有关证据，有了这些证据，农民工朋友就可以向有关部门投诉了。

《刑事诉讼法》第八十六条规定人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。