工程合同只签补充协议是无效的，只要双方签订主合同才能产生法律效力。工程合同诉讼有效期是三年，最长是不得超过二十年的，超过部分年限是不受保护的。

一、工程合同只签补充协议吗

工程合同只签补充协议无效。根据法律规定，补充协议是对合同生效后当事人就质量、价款或报酬、履行地点等内容没有约定或约定不明确的补充，它不能代替主合同，在主合同不存在的情况下，补充协议自然无效。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

《中华人民共和国民法典》第七百八十八条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。

二、工程合同诉讼有效期是多久

工程合同诉讼有效期是三年，我国法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。超出诉讼时效的，将丧失胜诉权。

根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三、工程合同中的纠纷处置方式有几种

1．和解。是指建设工程纠纷当事人在自愿友好的基础上，互相沟通、互相谅解，从而解决纠纷的一种方式。

2．调解。是指建设工程当事人对法律规定或者合同约定的权利、义务发生纠纷，第三人通过摆事实、讲道理，促使双方互相作出适当的让步，平息争端解决建设工程纠纷的方法。

3．仲裁。是当事人双方在纠纷发生前或纠纷发生后达成协议，自愿将纠纷交给第三者，由第三者作出裁决的一种解决纠纷的方式。

4．诉讼。是指建设工程当事人依法请求人民法院行使审判权，审理双方之间发生的纠纷，作出有国家强制保证实现其合法权益、从而解决纠纷的审判活动。

《中华人民共和国民法典》：第二十一章　保管合同　　第九百零二条　有偿的保管合同，寄存人应当按照约定的期限向保管人支付保管费。\n　　当事人对支付期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，应当在领取保管物的同时支付。