工程预付款的扣回，扣款的方法有两种：

1、可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清；基本公式：T=P-M/N；式中T―起扣点，工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；M―工程预付款限额；N―主要材料的占比重；P―工程的价款总额；

2、建设部《招标文件范本》中规定，在承包完成金额累计达到合同总价的10%后，由承包人开始向发包人还款；发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，发包人至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。

一、工程合同的价款包括了哪些

工程款按支付阶段不同通常可分为预付款、进度款、竣工结算款和质保金。

1、预付款。预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。

2、进度款。进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。在工程实践中，发包人同意支付进度一般为合同价的70%，进度款有三种支付方式：

(1)按形象进度分阶段支付；

(2)是按照已完工程量分期间支付；

(3)是按照阶段及期间混合支付。

3、结算款。结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。

二、工程保证金有哪些

1、投标保证金

投标保证金的主要用途：这个保证金指的是投标人按照招标文件的要求向招标人出具的保证金，以一定金额表示的投标责任担保，也是验证投标人资金实力的一个方法。

投标保证金的主要性质：避免因为投标人撤销投标或者中标后不履约而给招标人造成损失。

2、履约保证金

履约保证金的主要用途：履约保证金也叫履约担保，主要是防止承包人在合同执行过程中违反合同规定或违约，弥补给发包人造成的经济损失。

履约保证金的主要性质：类似违约金或者定金，用来防止中标方在中标或者签订合同之后反悔终止合同，对投标方进行一定程度上的约束。

3、预付款保证金

预付款保证金的主要用途：这个保证金出现的概率不是很大，这个和履约保证金差不多，也是对双方的一种约束，指的是承包方向银行提供具备预付款保证金或履约保证金实力的担保。

预付款保证金的主要性质：预付款保证金和履约保证金并不是承包方把现金汇入发包方账户的操作的程序，而是承包方向发包方提供合同约定的等额资金承保能力的证明。

4、保留金

保留金的主要用途：保留金主要是为了确保在施工阶段，或在缺陷责任期间，由于承包商未能履行合同义务，由业主（或工程师）指定他人完成应由承包商承担的工作所发生的费用。

保留金的主要性质：保留金性质有一个重要的时间逻辑节点：施工阶段。保留金的收取也不是承包方拿着真金白银向发包方账户汇款，而是办理完中期结算（进度款报量）后，发包方按工程施工合同约定的保留金留置比例，在应付工程进度款中直接扣留保留金后向承包方支付剩余的工程进度款。