一、建设工程备案后的施工合同可以修改吗？

目前依据国务院办公厅有关通知要求，目前我国已经取消了施工合同备案的事项，施工合同不需要备案，而建设施工合同在双方协商的情况下，可以依法修改。依据我国相关法律的规定，进行建设工程施工时要签订施工合同的，施工合同签订后要进行备案，备案的机关是县级以上地方人民相关部门建设行政主管部门。

二、建设工程备案合同中不能出现哪些内容？

1、优质工程奖、罚不对等。禁用工程质量达到市优、芙蓉奖、省优、鲁班奖不奖不罚，达不到市优、芙蓉奖、省优、鲁班奖等奖励对承包人进行罚款处理条款。

2、规费（不可竞争费），安全防护文明施工措施费低于标准不按规定支付的，禁用设置低于建设行政主管部门颁布的规费（不可竞争费），安全防护文明施工措施费标准，或设立暂缓条款。

3、工资标准低于现行住房和城乡建设主管部门发布的最低标准。

4、禁止政府性投资工程施工合同设置带资、垫资条款，或建设单位一时资金不能到位，承包人负责筹措资金条款。

5、要求承包人在发包方没有按施工合同的约定支付工程款的情况下不得停工，以及在此情况下发包人不承担违约责任条款。

6、采用不平等条款转移风险。合同价包括所有风险费用，合同中没有约定具体的风险内容，强行采用包干价。

如风险因素包括政策性调价、人工、机械、材料价格上涨等遇变化时均不调整，但没有给定具体的风险费用或风险费率的；没有约定土建、市政工程主要材料价格变化超过±3％，安装、装修工程主要材料价格变化超过±5％，对主要材料价格进行调整的。

7、不采用工程量清单计价，继续使用定额计价法，不执行消耗量标准的；

实行工程量清单计价的工程，一般不宜采用固定总价合同形式。工期在6个月以内，合同总价在300万元以内，并且施工图设计深度符合规定的工程，方可采用固定总价合同，但发承包双方必须在合同专用条款中说明投标人承担的风险种类及程度、价款调整的因素、方法。

8、合同条款没有约定工程结算审查完毕时间的；工程造价咨询机构应当于收到发包人交付的全部竣工结算文件之日起的下列期限内完成审核：（一）500万元以下（含500万元）的工程项目，20日；（二）500万元以上2000万元以下（含2000万元）的工程项目，30日；（三）2000万元以上5000万元以下（含5000万元）的工程项目，45日；（四）5000万元以上1亿元以下（含1亿元）的工程项目，60日；（五）1亿元以上的工程项目，90日。委托审核只进行一次。发包人、承包人对审核报告有异议的，可以申请相应工程造价管理机构调解，调解不成的，可以依法申请仲裁或者向人民法院起诉；也可以直接申请仲裁或者向人民法院起诉。

9、合同没约定工程预付款、进度款、结算款支付比例和时间，又不提供担保的。

10、劳保基金不按规定计取的。

11、工期设置低于国家定额工期20％以上，又无赶工措施费的。

12、工程量清单错项、漏项、计算错误责任要承包人承担的。

13、单次设计变更或签证50万及以上不送工程造价管理机构备查的。

因此综上来看，依据国务院办公厅有关的通知要求，我国现在已经没有工程建筑合同需要进行施工合同备案的事项，那么针对新出的建设施工合同，如果是已经完成了在双方协商的情形下，可以按照法律规定进行新的修改。