一、有限公司申请破产清算的是注册资金还是公司的实际资产

有限公司申请破产清算清算的是公司的实际资产。公司申请破产的，会成立清算组对公司的实际财产进行清理，并分别编制资产负债表和财产清单。清算后所得的财产会用来缴所欠税款以及清算过程中产生的税款还有公司所欠债务。

《公司法》第一百八十三条

公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。

二、破产清算后先偿还债权人公司清算与破产清算区别有哪些

破产清算并不是先偿还债权人，其有一定的偿还顺序。

具体内容如下：

企业被法院裁定破产的，企业的破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，对破产债权应该按下列顺序进行清偿：

1、破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；

2、破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；

3、普通破产债权。

公司清算与破产清算的区别：

1、发生清算的原因不同。

2、决定清算组成员的机关不同。

3、适用清算的程序不同。正常清算适用一般的清算程序，破产清算适用破产清算程序。

4、适用的法律不同。正常清算适用公司法，破产清算适用破产法。

《公司法》第一百九十条

公司被依法宣告破产的，依照有关企业破产的法律实施破产清算。

《中华人民共和国公司法》（2018修正）：第十章　公司解散和清算　　第一百八十条　公司因下列原因解散：\n（一）公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；\n（二）股东会或者股东大会决议解散；\n（三）因公司合并或者分立需要解散；\n（四）依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；\n（五）人民法院依照本法第一百八十二条的规定予以解散。