增值税扣税凭证是增值税抵扣的合法、有效凭据，增值税扣税凭证有五类，具体包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票和税收缴款凭证等：

1.增值税专用发票。增值税专用发票从销售方或者提供劳务或服务方取得的增值税专用发票，含货物运输业增值税专用发票、税控机动车销售统一发票。另外还包括小规模纳税人从税务机关代开的增值税专用发票。增值税抵扣依据为增值税专用发票上注明的增值税额。

2.海关进口增值税专用缴款书。即从海关取得的海关进口增值税专用缴款书。抵扣依据为进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。对海关代征进口环节增值税开具的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称的，即既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称，只准取得专用缴款书原件的单位抵扣税款。申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税缴款书原件、委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税。

3.农产品收购发票。即纳税人直接向农业生产者收购农副产品开具的收购发票。增值税抵扣依据按照农产品收购发票金额和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为：进项税额==买价×扣除率。买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票上注明的价款。“自行开具、自行抵扣”必须是农业生产者销售的自产农业产品。

烟叶作为特殊的农产品，其计算抵扣进项税额的收购金额中包括价外补贴、烟叶税。《财政部、国家税务总局印发〈关于烟叶税若干具体问题的规定〉的通知》(财税〔2006〕64号)规定，按照简化手续、方便征收的原则，对价外补贴统一暂按烟叶收购价款的10%计入收购金额征税。另据《财政部、国家税务总局关于收购烟叶支付的价外补贴进项税额抵扣问题的通知》(财税〔2011〕21号)规定，烟叶收购单位收购烟叶时，按照国家有关规定以现金形式直接补贴烟农的生产投入补贴，计入农产品买价，属于《增值税暂行条例实施细则》第十七条中的“价款”部分。烟叶收购单位，应将价外补贴与烟叶收购价格在同一张农产品收购发票上分别注明，否则，价外补贴不得抵扣增值税进项税额。价外补贴必须直接补贴给烟农，以非现金形式支付或是直接支付给非烟农，不得进行抵扣。实际支付的价外补贴如果与收购价款的10%%不符，按照实际支付的价外补贴进行计算。没有支付的，价外补贴不构成收购成本。

举例：某卷烟厂2014年6月收购烟叶，收购凭证上注明价款50万元，并向烟叶生产者支付了价外补贴。烟叶进项税额=(收购金额++烟叶税)×13%=50×(1++10%)×(1++20%)×13%=8.58(万元)。其中：20%为烟叶税。但如果价外补贴与烟叶收购价格未在同一张农产品收购发票上分别注明，或者实际支付的价外补贴高于10%的部分，则不能计入收购金额计算进项税。

4.农产品销售发票。根据《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》(财税〔2012〕75号)规定，所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。购买方凭开具农产品销售发票和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为：进项税额==买价×扣除率。

5.接受境外单位或者个人提供的应税服务，从税务机关或者境内代理人取得的解缴税款的中华人民共和国税收缴款凭证(以下称税收缴款凭证)上注明的增值税额。纳税人凭税收缴款凭证抵扣进项税额的，应当具备书面合同、付款证明和境外单位的对账单或者发票。资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。应当注意的是：税收缴款凭证是“营改增”后新增加的抵扣凭证，该抵扣仅限于接受境外单位或者个人提供的应税服务代扣的增值税。接受境外单位或者个人提供的修理、修配劳务代扣的增值税不能作为抵扣的凭据。