我国目前有关上市公司协议收购的立法还不完善，远不能适应形势发展的需要。1999年7月1日正式实施的《证券法》虽对协议收购予以肯定，但仅仅限于原则性规定。

第一，收购行为不规范，有些尚无规范可循，有些虽有规范，却不够明确具体，如有关协议收购中如何履行披露义务，境外投资者直接购买早市公司的法人股，间接进入我国A股市场如何规范等。自1995年以来，我国证券市场上相继发生了几起成功的外资协议购上市公司非流通国家股和法人股的事件。如日本五十铃等公司协议受让北京北旅公司非流通法人股，四川广汉市国资局将其所持的广华化纤部分国家股协议转让给美国凌龙公司。为此，国家主管部门作出规定：在国家有关上市公司国家股和法人股管理办法颁布之前，任何单位一律不准对外转让上市公司的国家股和法人股。但该管理办法至今尚未出台。

第二，资产评估不规范，转让价格不合理，造成国有资产价值的低估和流失，在实际操作中，股权转让通常处于非公开状态，以低于市场价格较大的幅度成交是屡见不鲜的，因为国有股的转让价格是一对一的协商谈判确定，转让价格高低往往取决于双方的议价能力，而非股权的内涵价值。而收购公司一般是在资金、技术上占有优势，他们往往会抓住上市公司的弱点而极力压价，导致转让价格不合理。

第三，信息披露义务和收购要约义务的豁免缺乏公开性和透明度。在我国业已发生的场外协议收购中，由于大多数是一次性完成的，几乎无一例外地都获得了5%和2%的公告义务豁免;在持股比例达30%或以上的案例中，也都获得了强制收购要约义务的豁免。

第四，协议收购中关联交易现象严重，却缺乏监管措施，如1994年恒通公司以协议方式受让棱光公司35%股份后取得了控股地位，随后棱光公司出资116亿元收购了恒通公司属下的一个全资子公司，这种连环控股行为，属典型的关联交易。而这种关联交易中，由于控股公司拥有对子公司的绝对控股权，极易在交易中以损害中以损害或牺牲子公司中中小股东的利益来谋取本公司的利益。因为按资本多数表决原则，中小股东根本无力左右局面。

第五、政府职能不明，对公司购并中政府监管功能的规定尚不健全，我国的许多上市公司是由国有企业作为主要发起人设立的，原国有企业或国有资产管理部门理所当然成为上市公司的第一大股东，且占绝对控股地位，这种股权结构使企业间的重组不仅不能避免政府的行政干预，而且政府可以股东身份充任决策人，上市公司的董事长根据《公司法》的规定，由股东大会按资本多数来表决，因此董事长也就成了政府的代言人。这就使得资产重组的出发点不是社会效益和全局利益，而是从本位主义和地方或行业保护主义出发，人为因素影响较大，市场机制作用的发挥受到较大限制。