首先，事业单位缴纳房产税，得看清所处的事业单位归属哪一块。

有许多的事业单位是免征房产税的，免征税费的主要有以下几种：

1、国家机关、人民团体、军队自用的房产免征房产税;由国家财政部门全额或差额拨付事业经费的事业单位，如学校、医疗卫生单位、托儿所、幼儿园、敬老院、文化、体育、艺术等单位，

2、在经营业务范围内使用的房产免征房产税;宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的房产免征房产税;

3、个人所有非营业用的房产免征房产税;

4、对行使国家行政管理职能的中国人民银行总行(含国家外汇管理局)所用的分支机构自用的房产，免征房产税。

5、经财政部批准免税的其他房产。

第六条除本条例第五条规定者外，纳税人纳税确有困难的，可由省、自治区、直辖市人民政府确定，定期减征或者免征房产税。

其次，事业单位房产税的计算应以“折旧计征”。这也就是说，房产税费应纳税额是在房产购入价的基础上减去30%之后，剩余值再乘以税率1.2%的所得值。计算公式为：应纳税额=应税房产原值x(l-扣除比例)xl.2%。

相关法文摘要：

房产税费征收标准

房产税征收标准从价或从租两种情况：

(1)从价计征的，其计税依据为房产原值一次减去10%-30%后的余值;

(2)从租计征的(即房产出租的)，以房产租金收入为计税依据。从价计征10%-30%的具体减除幅度由省、自治区、直辖市人民政府确定。如浙江省规定具体减除幅度为30%。

房产税税率采用比例税率。按照房产余值计征的，年税率为1.2%;按房产租金收入计征的，年税率为12%。

房产税应纳税额的计算分为以下两种情况，其计算公式为：

(1)以房产原值为计税依据的

应纳税额=房产原值×(1-10%或30%)×税率(1.2%)

(2)以房产租金收入为计税依据的

应纳税额=房产租金收入×税率(12%)[2]

《财政部、国家税务总局关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》(财税地字〔1986〕第008号)第四条规定，实行差额预算管理的事业单位，虽然有一定的收入，但收入不够本身经费开支的部分，还要由国家财政部门拨付经费补助。因此，对实行差额预算管理的事业单位，也属于是由国家财政部门拨付事业经费的单位，对其本身自用的房产免征房产税。