合同纠纷后可以采取以下处理方法：

1、协商，在友好的基础上，合同当事人通过相互协商解决纠纷是最好的方式；

2、调解，如果合同当事人不能达成协议，可以要求有关机构进行调解，如果一方或双方是国有企业，可以要求上级机关进行调解；

3、仲裁，合同当事协商不成、不愿调解的，可以根据合同规定的仲裁条款或者双方在纠纷发生后达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁；

4、诉讼，合同中未订立仲裁条款，事后未达成仲裁协议的，合同当事人可以向法院起诉合同纠纷，寻求司法解决。

工程合同纠纷处理的基本方式

1、和解和解，是指建设工程纠纷当事人在自愿友好的基础上，互相沟通、互相谅解，从而解决纠纷的一种方式。

建设工程发生纠纷时，当事人应首先考虑通过和解解决纠纷。

事实上，在工程建设过程中，绝大多数纠纷都可以通过和解解决。

2、调解调解，是指建设工程当事人对法律规定或者合同约定的权利、义务发生纠纷，第三人依据一定的道德和法律规范，通过摆事实、讲道理，促使双方互相作出适当的让步，平息争端，自愿达成协议，以求解决建设工程纠纷的方法。

3、仲裁仲裁，亦称“公断”，是当事人双方在纠纷发生前或纠纷发生后达成协议，自愿将纠纷交给第三者，由第三者在事实上作出判断、在权利义务上作出裁决的一种解决纠纷的方式。

4、诉讼诉讼，是指建设工程当事人依法请求人民法院行使审判权，审理双方之间发生的纠纷，作出有国家强制保证实现其合法权益、从而解决纠纷的审判活动。

合同双方当事人如果未约定仲裁协议，则只能以诉讼作为解决纠纷的最终方式。

通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。

所以工程合同产生纠纷，超过3年不向人民法院起诉的，工程建设合同就会失效，义务人有抗辩权。

《中华人民共和国民法典》第五百三十三条合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。

人民法院或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。