农村集体土地纠纷可以由村委会、政府土地管理部门进行调解。

根据《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五的规定，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。

当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。

第五十二条当事人对农村土地承包仲裁机构的仲裁裁决不服的，可以在收到裁决书之日起三十日内向人民法院起诉。逾期不起诉的，裁决书即发生法律效力。

一、农村集体土地使用纠纷如何解决？

(一)建立现代意义上的保证制度

秘鲁经济学家赫尔南多在研究发展中国家向市场经济转型过程中土地所有权后所提出的“缺少一套系统化的正规所有权制度，现代化市场经济就不可能出现”理论说明，保证农村集体土地权属为每个农民所拥有这一原则，不仅是政治上不可或缺的关键因素，也是宏观经济和城镇化进程的组成部分，必须由政府出面通过制度的强制性，让这一原则成为一种社会遵守的契约，在法律层面构建起对全社会都具有制约作用的执行体系。

(二)建立农村集体土地权属纠纷多元化解决途径

1、对农村集体土地逐一登记并依据大数据提供的技术条件，建立相应的数据库，以此为前提，对农村集体土地确权。明确农村集体土地所有权和使用权主体，分清责、权、利，为今后处理各种涉及到的农村集体土地方面的利益冲突奠定真实的基础和有效的参考依据。

2、建立多元化解决农村集体土地权属纠纷机制。视不同的纠纷，采取民事处理和行政处置分别加以解决。

(1)结合我国广大农村所奉行的“中庸之道”的现实，针对目前我国相关法律政策在农村地区贯彻并不彻底的实际，坚持协商调解是处理农村集体土地权属纠纷的主导思想，主要用以解决历史遗留下来的集体土地与农民土地之间所存在的界定不明确、产权不清晰的问题。在解决的过程中，既要公正，更要客观，以秉承让利于民的原则为宜。

(2)启动适合农村地区的非诉讼解决途径。村委会要建立农村土地仲裁制度，成立土地仲裁委员会或小组，由村干部及村里德高望重的人员组成，用以解决非诉讼途径既可解决的问题，如村民与村民之间的宅基地之间的矛盾，通过仲裁这种方式既维系了村民之间的关系，又有利于问题的解决。

(3)用严格的法律程序解决重大乱占滥用农村土地并在其中违规运作严重侵害广大村民的事件。对于一些重大的农村集体土地纠纷问题，要严格按照《土地管理法》等相关法律法规，提请法律诉讼，以法律的权威加以解决。

(三)坚持严格的农村集体土地利用规划和用途管制

1、坚持土地利用规划，把农村集体土地纳入当地政府发展规划之中，规范土地流转的区域、边界、用途等，以防止农村集体土地流转失序、过程失控、私拆乱建的问题发生。

2、严格用途控制，既要坚持严格的耕地保护制度，杜绝占用或变相占用耕地，又要对当前承担着社会保障功能的农村宅基地实施保障，不得以农村集体土地的名义进入流转范围。

有些农村地区的村民由于法律意识比较淡薄，故此有可能会实施侵犯他人土地使用权的行为，此时不可避免的会发生土地纠纷，为了节约司法资源，在纠纷发生之后，可以先采取协商、调解等方式处理该纠纷，若是依旧不能配定纠纷的处理方案，那么就可以由受害方书写诉状之后向法院起诉。