税务查出发票是假的需要根据税务机关的要求做相应的处理。但是如果能证明业务真实，是发票开具有问题的，可以与原业务提供方沟通，要求其重新开具合法发票。如假发票是增值税专用发票的，做增值税进项税额转出处理。企业所得税不得作为税前扣除凭证。待取得合法发票后重新进行增值税进项税额抵扣和企业所得税税前扣除。

一、抵扣进项税额指的是什么

抵扣进项税额是指：

企业在生产经营过程中购进原辅材料、销售产品发生的税额后，在计算应缴税额时，在销项增值税中应减去的进项增值税额，简称进项税。进项税就是购进货物时所发生的税金，可以和销项税抵，如进项税多可做为留抵税，用于以后月份抵，若销项税多则应向税务部门交纳税款。

进项税额抵扣检查时应注意事项如下：

1、抵扣进项税额的原始凭证是否真实、合法、合理；是否符合相应的使用范围；专用发票的开具是否符合要求；票面的逻辑关系是否正确；防伪税控系统开具的增值税专用发票是否经过认证；认证或是否及时申报。

2、有无将外购固定资产以低值易耗品、修利用备件的名义入账，巧立名目，多抵扣进项税额；有无将外购固定资产支付的运费申报抵扣进项税额；有无将按相关法律规定允许一次计入成本的科研用固定资产申报抵扣进项税额。

3、有无将外购货物改变用途后（如用于非应税项目、集体福利个人消费等）仍然申报抵扣进项税额。

4、有无发生非正常损失的外购货物、在产品、产成品以正常损失报批，不结转进项税额转出。

5、企业兼营非应税劳务，分别申报缴纳增值税、营业税的，有无按外购货物全额申报抵扣进项税额；外商投资企业兼营出口与内销，有无按购买国内原材料的全额申报抵扣进项税额。

6、有无发生进货退出或折让并收回价款和增值税款时，不相应减少当期进项税额，造成进项税额虚增。

二、抵扣联丢失可以重开吗

不可以，但是可以开《证明单》作为抵扣凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。

三、企业不愿升规原因

原销售额未达到500万元的一般纳税人企业，如果要转为小规模纳税人，需要考虑客户对发票的要求。一般纳税人的客户，基于抵扣进项税的考虑会要求开具增值税专用发票。如果客户都是一般纳税人，企业转成小规模纳税人，开不出增值税专用发票，可能会流失部分客户，需要企业做出总体测算后再决定是否转为小规模纳税人，否则得不偿失。对上游供应商的影响：企业应及时梳理合同，转为小规模纳税人之前，要求供应商把增值税进项专用发票全部开出来，及时认证完发票、能抵扣的全部抵扣。未抵扣进项税的处理：如果企业决定转为小规模纳税人，其未抵扣的进项税额作转出处理，不能退税，所以应在转为小规模纳税人之前，及时认证完发票，并且保证足额的销项税额去抵扣进项税，否则转出后现金流损失，成本增加，利润降低。