(一)二者的适用对象不同

对于劳动合同，其适用对象主要体现在《劳动合同法》第2条，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织(以下称用人单位)与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。

对于用工协议，其适用对象主要体现在《事业单位用工协议制试行办法》第2条，事业单位用工协议制是指事业单位与受聘人员依据国家有关法律、法规、规章和政策，在平等自愿、协商一致的基础上，通过签订用工协议，确定聘用关系，明确双方权利和义务的人事管理制度。

(二)二者的用工招聘方式不同

劳动合同的签订没有严格的程序性要求。根据《劳动合同法》

第7条，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。第8条规定用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。

而用工协议关系的建立，有着严格的招聘程序要求。根据《事业单位用工协议制试行办法》第7条，事业单位要结合本单位的任务，按照科学合理、精简效能的原则设置岗位，并依据国家有关规定和单位的实际情况确定岗位工资待遇。机构编制部门核定人员编制的事业单位设置岗位、聘用人员，不得突破核定的编制数额。第8条，人员聘用的基本程序是：

(一)公布聘用岗位及其职责、应聘条件、工资待遇等事项；

(二)应聘人员申请应聘；

(三)聘用工作组织对应聘人员的资格、条件进行初审；

(四)聘用工作组织对通过初审的应聘人员进行考试或者考核，择优确定拟聘人员；

(五)聘用单位负责人员集体讨论确定受聘人员；

(六)聘用单位法定代表人或者其委托的代理人与受聘人员签订用工协议。

(三)按合同期限特点分类不尽相同

根据《劳动合同法》第十二条劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。

根据《事业单位用工协议制试行办法》第十五条

用工协议分为短期、中长期和以完成一定工作为期限的合同。对流动性强、技术含量低的岗位一般签订3年以下的短期合同；岗位或者职业需要、期限相对较长的合同为中长期合同；以完成一定工作为期限的合同，根据工作任务确定合同期限。合同期限最长不得超过应聘人员达到国家规定的退休年龄的年限。