1、二者目的不同行政确认制度的目的具有多样性，主要包括：首先，对某种不明确的事实或状态予以明确，预防和解决纠纷。比如公安机关对当事人交通事故的认定，利于当事人侵权损害赔偿争议的解决。其次，方便行政机关进行科学管理。行政机关将确认结果作为进一步管理的前提，也可以通过确认掌握一定的信息，为作出相关决策提供依据，比如对文物保护单位的进行认定后，则可给予特别保护，不允许被污染和破坏。再次，保护相对人合法权益。通过法律上的承认，相对人的资格或权利义务受到认可和肯定，从而具有了公信力，可以申请各种需要取得而尚未取得的权利，或在相关领域就业。最后，节省社会资源，维护社会秩序。行政确认相当于国家作出判断，公民则不需要花费人力、物力、财力等对一些复杂的、不易判断的事项作出判断，比如某种食品的质量是否达到一般的标准。行政许可的目的则比较单一，主要目的在于控制某种行为所带来的危险，稳定社会秩序和维护公共利益。

2、二者的羁束性不同行政确认行为具有严格的羁束性。法律在事先即对行政确认的范围、形式、程序、方法作出具体规定并对某种确认所遵循的技术规范作出规定具体标准，行政主体只能严格按照法律规定和技术鉴定规范进行确认。相对而言，行政许可没有如此严格的羁束性，行政机关在作出是否准予许可的决定时，还需要衡量相关的多种因素，比如对于一些存在数量限制的许可，一旦达到既定数量，即使申请人符合各种条件，亦不能被许可。

3、所针对的事项不同行政确认针对的是某种事实、资格或权利义务关系。对是否存在、是否具备和权利义务处于何种状态作出判断。行政许可针对的只能是行为，也就是说只能对行为进行限制或禁止。虽然解除禁止或限制的条件可以表现为赋予某种权能、给予某种资格甚至加盖检验、检测、检疫印章。

4、法律效果不同首先，行政确认是对相对人是否具有某种法律地位、法律关系以及法律事实是否存在的宣告，行政确认本身并不直接设定行政相对人权利义务，也不会直接导致行政相对人权利义务变更或消灭。而行政许可直接设定了行政相对人的权利义务，产生了直接的法律效果。一旦获得准许，被许可人必须依法履行法律规定的权利义务，否则受到制裁，行政机关还要依法对其监督检查。其次，不经确认或没有被确认并不意味着当事人必然不能从事某项活动；而从事未经许可的行为，将发生违法的后果，当事人会受到严重的制裁。

5、行为方式不同从行政确认的行为方式来看，既有依申请的确认，也有依职权的确认，而行政许可只能是依申请的行政行为。