1.勘察设计深度不足，导致概算远低于实际征地拆迁补偿费用。《国土部关于进一步做好征地管理工作的通知》明确要求“各地应建立征地补偿动态调整机制，根据经济发展水平、当地人均收入增长幅度等情况，每2至3年对征地补偿标准进行调整，逐步提高征地补偿水平。未及时调整的，不予通过用地审查。”概算编制依据标准是勘察设计时的补偿标准，而从完成设计到项目用地批准后进行补偿兑现相隔时间为2至3年，征地补偿标准已经提高并突破概算。

2.概算征拆数量偏少。

一是由于概算中土地补偿只考虑了红线内永久征地补偿费，忽略了因永久征地导致剩余的边角地、夹心地等无法耕种或耕种困难的地块补偿费用和回收铁路已征地补偿费用;同时，对征拆工作中应由铁路方面承担的工作和费用估计不足，在可研和初步设计中未能计列有关费用。二是勘察设计到实际开展征地外业调查间隔时间较长，导致沿线群众“三抢”(抢栽、抢种、抢建)现象严重，直接增加了附着物补偿费用。

3.回收铁路已征地困难较大，引发纠纷矛盾，导致施工受阻。

首先，铁路部门普遍存在重运输经营轻土地管理的现象，由于监管不到位，导致铁路土地被侵占;其次，针对铁路已征地的回收补偿，《铁路用地管理办法》明确规定：“所收回的铁路用地如已播种，由铁路部门支付给承种人当季青苗补偿费;被收回铁路用地的承种人确有实际困难的，由铁路部门发给不超过实际种植作物一年产量总值的补助费。”但是实际收回铁路已征地并补偿时，被征地群众往往以铁路用地界限不清楚，且其经营土地属于国家第二轮土地承包合法取得为由，要求按照红线内征地补偿标准统一对待，导致补偿费用成倍增加。例如，陕西省人民政府办公厅关于西康铁路二线和阳安二线直通线工程有关问题的通知文件规定：“铁路回收地依据铁路部门提供的国有土地使用权证及相关资料确定，按6000元/亩综合标准补偿(含青苗及地面附着物、构筑物等补偿)。”。

4.“三电”及管线迁改难度大，影响施工进度。

对于”三电”及管线迁改，建设施工单位必须与产权单位对接，由产权单位自行迁改。其优点有：是由于产权单位可以对因管线迁改造成的供电、通信、供水、供热等中断及产生的后果负责;二是由于产权单位施工可以满足行业标准及自身迁改要求，更容易通过验收。

但同时存在迁改费用高、进度慢的缺点：一是由于迁改协议虽然有工期要求，可双方只是配合协作关系，常有迁改不及时影响铁路施工进度的情况发生。二是由于国家虽有明确的标准，但产权单位往往以施工复杂、危险性大为理由，编制较高的迁改预算，否则不予办理迁改工作。

5.沿线群众生产生活相关部分容易被忽视，导致频繁阻工。

无论勘查设计单位还是外业调查工作均容易忽视当地群众生产生活习惯，缺乏对不利因素的分析，从而导致频繁阻工，影响工程进度。例如：占用灌溉渠系后，剩余渠系是否受到影响;占用农村道路或平交道取消后，群众是否绕道行走;平交改立交使得涵洞积水、群众是否通行困难;复线建设中既有涵洞宽度、高度不足，是否满足群众生产运输要求;因永久征地剩余的边角地、夹心地是否耕种困难;施工造成的震动、粉尘、噪音是否干扰了群众生产生活等。

6.执行层面上存在的问题：一是地方政府配套资金到位严重滞后。由于地方政府筹资渠道较为单一，在面临大量基建项目征拆投资的情况下，往往不能按省部协议将所需资金按时筹措到位。由于政府拨付征拆资金到位不及时或只能到位部分资金，被征地农民意见较大，不愿按期交地。由于资金原因，征拆工作时停时动，严重影响项目征拆进程，给工程施工造成严重困难。二是征拆补偿标准问题。同一个地区铁路建设与企业建设征拆补偿标准不统一，老百姓抵触情绪大，增加征拆难度。三是路地工作协调问题。在征地征拆实施过程中，少数地方政府采取地方保护主义，交地之前，谈条件提要求，否则不交地不拆迁;而且，也存在地方征拆办与铁路征拆办工作步骤不统一，工程急需的用地不能及时交付的问题。