一、发起人协议与公司章程记载的股权不一致如何认定

在现实中，许多发起人股东在设立有限责任公司时，会在启动设立程序之初订立协议，名称为“合作经营协议”、“共同投资协议”等(以下统称“发起人协议”)，用于确定各发起人之间有关设立公司的权利义务，其内容由发起人协商确定，一般包括以下内容：发起人的基本情况；拟设立公司的名称、住所、注册资本、经营范围；发起人的投资数额与方式；发起人的权利义务等。当上述发起人协议对各股东股权的记载与公司章程的记载不一致时，股权份额应该以哪个为准？一般情况下，发起人协议对发起人设立公司的行为作出规定，在公司成立后，发起人协议的内容会被公司章程吸收，其功能让位于公司章程，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。就两者关系而言，若章程对发起人协议的内容作出修改则以公司章程为准，公司章程未涉及的内容，发起人协议有规定的，其规定继续适用，但仅约束发起人。在公司内部关系上，发起人协议与公司章程不一致时，原则上应当以公司章程为依据，但下列特殊情况除外：

1、公司章程非股东本人签署。此种情况下，还需查证有下列或全部事实，从而与发起人协议相互印证：

(1)缴纳出资的凭证，如出资证明书、付款凭证等反映出各股东的投资份额；

(2)股东表决权在行使过程中反映出各股东所代表的股权份额；

(3)股东盈余分配上反映出各股东所实际持有的股权份额。

2、全体股东一致签署文件对公司章程作出修改。

股东在后一致签署的文件有权改变在先制定的公司章程。根据公司法第三十八条的规定，股东会行使修改公司章程的职权；股东以书面形式一致表示同意的事项，也可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名盖章。根据这一规定，即便公司章程关于股权份额的记载对于各股东有约束力，但事后全体股东可以以一致决定的方式(如签署确认书、签订协议等)对股权份额重新予以确定。因此，形成于公司章程之后的全体股东一致决定，不论其内容的定性上是对持股比例的内部划分，还是对股权份额的变更，均不影响其对公司内部股权关系的约束。

二、如何保护隐名股东的权利

(一)采用书面协议明确显明股东和隐名投资者之间的权利义务关系。隐名投资者和显名股东之间的书面协议是确认双方权利义务的重要依据和基础。在诉讼中，书面协议是保护隐名投资者合法权益的有力证据。

(二)争取与其他股东以及公司签订书面协议，明确各方对股权代持的知悉和同意。隐名投资者和显名股东之间的协议只在双方之间形成债权债务关系，不能满足“与其他股东达成设立公司或继续经营公司的合意”的实质要件。因此，仅有隐名投资者和显名股东之间的协议，通常不能产生确认隐名投资者享有股权的法律效果。隐名投资者应当争取同项目公司及其他股东签订书面协议，明确各方对股权代持的知悉和同意，使公司内部各当事人均认可隐名投资人的实际股东地位。

(三)积极参与公司管理，充分行使股东权利。隐名投资者在进行出资并设立公司后，应当积极参加公司经营管理，委派管理人员或其他人员，参与公司经营决策。

(四)关注显名股东持股情况，及时办理股权变更登记。隐名投资行为的隐蔽性，决定了其时刻受显名股东的制约。因此，必须时刻关注显名股东的资产和纠纷状况。在条件允许的情况下，应保持对显名股东一定程度的控制力。要注意防止显名股东违反协议将股权转让或作其他处分，或因他自身原因导致股权被法院冻结甚至执行。