医患双方关系在本质上是民事法律关系，应当处于平等地位。我国《民法典》规定，当事人在民事活动中的地位平等;公民、法人的合法的民事权益受法律保护，任何组织和个人不得侵犯。处理医疗事故争议应当遵循民法的基本原则。

就公开、公平、公正三者而言，公开是公正的保障、公正是公平的基础。公平首先体现在医患双方在处理过程中的地位平等，任何一方没有额外的特权。其次，体现在权利与义务的统一。例如条例赋予了医疗机构予以诸如死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、上级医师查房记录、会诊意见、病程记录等特定资料的保管权，同时也规定了医疗机构无正当理由未依照条例的规定如实提供相关材料，导致医疗事故技术鉴定不能进行所应承担的医疗事故责任。再者，在适用法律上必须体现公平。不能针对同一个争议事实对医患双方适用不同的法律。公正适用法律包括程序公正和实体公正。

程序上的公正是保证实体公正的前提，在医疗事故处理中，程序公正具有特殊的意义。比如，条例规定了医疗事故技术鉴定专家库的组成以及鉴定专家应当从专家库中随机抽取等程序规定，目的是保证专家可以不受外部干扰，客观地进行鉴定。通过随机抽取这种程序机制达到公正鉴定进而公正处理的目的。实体上的公正，就是证据适用和法律适用的公正。

在处理医疗事故争议时，必须按照法律法规的规定搜集证据，并在证据的基础上适用法律法规规定的相应条款。只有如此，才能保证正确处理。公开尽管是形式上的要求，但具有实质上的意义。按照法制原则，内部的规定不能调整外部的法律行为。也就是说，内部规定、文件不能作为司法机关判案和行政执法机关实施行政处罚的依据。在处理争议时，要采取公开的方式，即公开程序、证据内容、适用的法律。

条例将处理造成患者死亡或二级以上医疗事故确定为县级以上卫生行政部门，就是为了减轻当事人申请事故处理的路途之苦，减少因乘车、食宿而增加费用支出。将处理部门定在县市两级，既有利于处理部门调查取证，也方便当事人陈述自己的理由。及时、便民不仅仅只是一个节省时间和方便的问题，还有利于在第一时间、第一地点将争议缓解、解决，有利于社会的稳定。