依据畜禽规模养殖污染防治条例的规定，自然保护区是属于禁养区域，所以在自然保护区内的养殖场是会被关停的，但要进行补偿，当事人对补偿不服的，可以提起行政诉讼。

相关法律规定

《畜禽规模养殖污染防治条例》

第二十五条因畜牧业发展规划、土地利用总体规划、城乡规划调整以及划定禁止养殖区域，或者因对污染严重的畜禽养殖密集区域进行综合整治，确需关闭或者搬迁现有畜禽养殖场所，致使畜禽养殖者遭受经济损失的，由县级以上地方人民政府依法予以补偿。

《中华人民共和国行政诉讼法》

第十二条人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：

（五）对征收、征用决定及其补偿决定不服的；

养殖场拆迁赔偿标准

1、征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。

征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。

征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。

2、征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。

被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。

征收城市郊区的菜地，用地单位应当按照国家有关规定缴纳新菜地开发建设基金。

3、依照本条第二款的规定支付土地补偿费和安置补助费，尚不能使需要安置的农民保持原有生活水平的，经省、自治区、直辖市人民政府批准，可以增加安置补助费。但是，土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征收前三年平均年产值的三十倍。

国务院根据社会、经济发展水平，在特殊情况下，可以提高征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准。

《中华人民共和国行政诉讼法》（2017修正）：第二章　受案范围　　第十二条　人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：\n（一）对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的；\n（二）对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的；\n　　（三）申请行政许可，行政机关拒绝或者在法定期限内不予答复，或者对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的；\n（四）对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的；\n（五）对征收、征用决定及其补偿决定不服的；\n（六）申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的；\n（七）认为行政机关侵犯其经营自主权或者农村土地承包经营权、农村土地经营权的；\n（八）认为行政机关滥用行政权力排除或者限制竞争的；\n（九）认为行政机关违法集资、摊派费用或者违法要求履行其他义务的；\n（十）认为行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障待遇或者社会保险待遇的；\n（十一）认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的；\n（十二）认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。\n除前款规定外，人民法院受理法律、法规规定可以提起诉讼的其他行政案件。