在合同条款中直接约定管辖法院即可。依照我国法律规定，合同双方当事人可以在合同中约定，发生纠纷时由哪个法院管辖;并且此种约定管辖优先于一般管辖。在约定管辖法院时应注意以下问题：(1)约定管辖法院的意思表示必须通过书面方式表达出来，形式可以是合同中的协议管辖条款，也可以是在诉讼前达成的选择管辖的协议。(2)选择的管辖法院的范围是限定的，即只能是在被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院中进行选择。(3)当事人选择的管辖法院必须是明确的。(4)约定管辖不得违反民事诉讼法对级别管辖和专属管辖的规定。

一、运输合同案件管辖地如何确定

首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权；如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。

如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。

因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地法院管辖。

根据我国《民事诉讼法》第三十四条的规定，非涉外诉讼中的协议管辖只适用合同纠纷的第一审案件；协议管辖是要式行为，必须采用书面形式；协议管辖当事人可选择的法院有原告住所地、被告住所地、合同签订地、合同履行地、标的物所在地的法院；当事人须在协议中对管辖法院作出明确的约定，不明确则管辖无法依协议而确定；当事人选择法院时，不得违反级别管辖和专属管辖的规定。

二、名词解释 协议管辖

协议管辖，又称合意管辖或者约定管辖，是指双方当事人在纠纷发生之前或发生之后，以合意方式约定解决他们之间纠纷的管辖法院。合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。